อำเภอนาหม่อม มีประวัติความเป็นมาที่ยาวนาน อำเภอนาหม่อม เดิมอยู่ในเขตการปกครองของอำเภอหาดใหญ่ “ตำบลนาหม่อม” เดิมชื่อว่า “ตำบลทุ่งพระเคียน” มีขุนมหาศักดิ์ภักดี เป็นกำนัน ปกครองท้องที่นี้ ปี ร.ศ. 122 (พ.ศ.2436) พระยาวิเชียรคีรี (ชม) ผู้ว่าราชการเมืองสงขลา เห็นว่ากรมการในเมืองสงขลามีมากจึงยกเลิกนายอำเภอและนายแขวงเสีย ตั้งเป็นนายตำบลบ้าน คือ บ้านหนึ่งมีนายบ้านผู้หนึ่งกำกับ อำเภอหนึ่งจึงแยกเป็นนายบ้านหลายสิบตำบล ปรากฏว่าบริเวณท้องที่หาดใหญ่และบริเวณใกล้เคียงในยุคนั้น ขึ้นกับ อำเภอหลวงรักษาพลสยาม “บ้านนาหม่อม” มี 1 บ้าน 3 เรือน ขึ้นกับอำเภอนี้ เช่นเดียวกับ “บ้านทุ่งขมิ้น” มี 1 บ้าน 64 เรือน “บ้านหาดใหญ่” มี 1 บ้าน 4 เรือน เป็นต้น
ประมาณ พ.ศ. 2468 ได้เปลี่ยนชื่อ “ตำบลทุ่งพระเคียน” เป็น “ตำบลนาหม่อม” โดยอาศัยจากคำบอกเล่าของคนรุ่นเก่าว่า ในตำบลทุ่งพระเคียนนี้มีหม่อมหลวงเด่น จะเป็นราชนิกูลสายใดไม่ปรากฏได้มาตั้งรกราก ถางพง ทำนาในบริเวณนี้ให้เจริญขึ้น ดังนั้น เพื่อเป็นการระลึกถึงคุณงามความดีของหม่อมหลวงเด่น จึงได้เปลี่ยนชื่อให้ ตำบลทุ่งพระเคียน เป็นตำบลนาหม่อม
ปี พ.ศ. 2500 กระทรวงมหาดไทยได้แยกตำบลนาหม่อมออกเป็น 4 ตำบล คือ ตำบลนาหม่อม ตำบลคลองหรัง ตำบลพิจิตร และตำบลทุ่งขมิ้น
ต่อมาปี พ.ศ. 2520 นายวิเชียร สุคนธาภิรมย์ ณ พัทลุง นายอำเภอหาดใหญ่ในขนาดนั้น พิจารณาว่าท้องที่ในอำเภอหาดใหญ่มีพื้นที่กว้างใหญ่ยากแก่การปกครองและดูแลทุกข์สุขได้ทั่วถึง จึงได้เสนอรวม 4 ตำบล ดังกล่าว คือ ตำบลนาหม่อม ตำบลคลองหรัง ตำบลพิจิตร และตำบลทุ่งขมิ้น ยกฐานะขึ้นเป็น “กิ่งอำเภอนาหม่อม” จนได้รับการยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอนาหม่อมตั้งแต่ วันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2524 และเริ่มเปิดกิจการให้กับประชาชนได้เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2524
ต่อมากระทรวงมหาดไทยได้มีพระรากฤษฎีกายกฐานะ “กิ่งอำเภอนาหม่อม” เป็น “อำเภอนาหม่อม” ตั้งแต่วันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2537 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 111 ตอน 21 ก. ลงวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2537
อำเภอนาหม่อม แบ่งการปกครองออกเป็น 4 ตำบล 29 หมู่บ้าน คือ
1. ตำบลนาหม่อม แบ่งออกเป็น 10 หมู่บ้าน คือ
หมู่ที่ 1 บ้านทุ่งโตนด หมู่ที่ 2 บ้านทุ่งฆ้อ
หมู่ที่ 3 บ้านพรุเมา หมู่ที่ 4 บ้านควนจง
หมู่ที่ 5 บ้านนาหม่อม หมู่ที่ 6 บ้านใน
หมู่ที่ 7 บ้านชายนา หมู่ที่ 8 บ้านทุ่งพระเคียน
หมู่ที่ 9 บ้านเกาะชาพลู หมู่ที่ 10 บ้านตีนวัด
2 ตำบลคลองหรัง แบ่งออกเป็น 6 หมู่บ้าน คือ
หมู่ที่ 1 บ้านคลองหรัง หมู่ที่ 2 บ้านแม่เปียะ
หมู่ที่ 3 บ้านใหม่ หมู่ที่ 4 บ้านแซะ
หมู่ที่ 5 บ้านต้นปลิง หมู่ที่ 6 บ้านปลักทิง
3 ตำบลพิจิตร แบ่งออกเป็น 6 หมู่บ้าน คือ
หมู่ที่ 1 บ้านเนินพิจิตร หมู่ที่ 2 บ้านโคกทัง
หมู่ที่ 3 บ้านโคกพะยอม หมู่ที่ 4 บ้านพลีควาย
หมู่ที่ 5บ้านทุ่งนาหว่าน หมู่ที่ 6 บ้านคลองบ่วง
4 ตำบลทุ่งขมิ้น แบ่งออกเป็น 7 หมู่บ้าน คือ
หมู่ที่ 1 บ้านกลาง หมู่ที่ 2 บ้านลานไทร
หมู่ที่ 3 บ้านทุ่งโพธิ์ตก หมู่ที่ 4บ้านนาทองสุก
หมู่ที่ 5 บ้านนา หมู่ที่ 6 บ้านทุ่งขมิ้น
หมู่ที่ 7 บ้านทุ่งโพธิ์ออก