Sin entrar en los temas que a día de hoy atañen al movimiento indígena relativos a las disputas internas, la CONAIE se enfrenta a un gran reto histórico: convertirse en un movimiento transversal que en momentos de pauperización de la sociedad ecuatoriana sea capaz de ser interpretado como la vía nacional-popular. Es decir, ir en busca de la transversalidad para así poder representar a los de abajo.

Los principales referentes de la opinión pública, sobre todo en medios tradicionales, desechan esta posibilidad por el mero hecho de que solo el 7% de la población ecuatoriana se auto identifica como indígena. Pero lo cierto es que esta "tesis" observa bastantes fisuras, ya que actualmente el movimiento indígena es la segunda fuerza tanto a nivel nacional como seccional en el Ecuador. Y aunque no siempre ha sido así, los diferentes éxitos del movimiento indígena y su brazo político a la hora de conquistar posiciones de poder político, han ido precedidos de procesos de movilización social que poco a poco van trascendiendo de una hipotética frontera étnica.

Pero, ¿puede sostenerse e incluso ampliarse ese efecto de cara al futuro? Todo depende de cómo se vaya configurando la Estructura de Oportunidad Política (EOP) definidas por Tarrow (1999) como las “dimensiones congruentes –aunque no necesariamente formales o permanentes- del entorno político que ofrecen incentivos para que la gente participe en acciones colectivas al afectar a sus expectativas de éxito o fracaso” (Tarrow, 1997: 155) Es decir, si bien el movimiento indígena y su estrategia para alcanzar el poder obedece a día de hoy a una autocomprensión de sí mismos como actor político rupturista o antiestablishment, en un futuro, su éxito o fracaso va a depender en gran medida de las posiciones que ocupe cada uno de los actores políticos presentes en futuros procesos electorales y su propia capacidad de consolidarse como la ruptura que puede requerir un país con una grave crisis como la actual.

Por último, aunque en los últimos años el movimiento y el partido han tenido una relación compleja 

Sobre todo, desde que Leonidas Iza llegara a la presidencia de la CONAIE- es importante señalar que cuando le va bien al movimiento, los buenos resultados del partido no tardan en llegar. En el plano organizativo de cara a las elecciones, queda ver si esta correlación sigue dándose o si por el contrario Pachakutik termina por alinearse a la CONAIE. Hay dos factores que determinarán esto: la elección de la presidencia del partido y la candidatura presidencial de esta fuerza política.