Tersedia berbagai beasiswa bagi mahasiswa UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto sesuai dengan ketentuan yang dipersyaratkan masing-masing.  Hal ini menunjukkan kepedulian yang tinggi dari berbagai lembaga terhadap dunia pendidika. Berikut ini adalah beasiswa yang sampai saat ini tersedia bagi mahasiswa UIN Prof. K.H Saifuddin Zuhri Purwokerto: 

1. Beasiswa Prestasi

2. Beasiswa Bidikmisi

3. Beasiswa Tahfidz

4. Bantuan Beasiswa Pendidikan (KIP-Kuliah)

5. Beasiswa Bank Indonesia

6. Beasiswa Cendekia Baznas

7. Bantuan Biaya Pendidikan UPZ