ในปี พศ. 2584  ด้วยความริเริ่มดำเนินการของ นายแพทย์หลวงวิเชียรแพทยาคม ได้จัดตั้ง "โรงพยาบาลโรคจิตนนทบุรี" สังกัดกรมสาธารณสุข กระทรวงมหาดไทย โดยมีนายแพทย์ขจร อ้นตระการ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงพยาบาลคนแรก และในปีพ.ศ. 2585  ได้ย้ายมาสังกัดโรงพยาบาลโรคจิต กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข

      ในปัจจุบัน โรงพยาบาลศรีธัญญา อยู่ในสังกัดกรมสุขภาพจิต กระทรวงสาธารณสุข เป็นโรงพยาบาลเฉพาะทาง บำบัดรักษาผู้ป่วยทางจิตเวช ขนาด  750 เตียง มีพื้นที่ทั้งหมด 415 ไร่ 57 ตารางวา ได้รับการพัฒนาด้านการให้บริการ และสิ่งแวดล้อม สถานที่มีความสวยงาม มีผู้ศึกษาดูงานมากมาย ทั้งในและต่างประเทศ

         ในวันที่ 5 พฤศจิกายน  พ.ศ. 2563 โรงพยาบาลศรีธัญญา ได้อนุมัติและให้จัดตั้งเป็น "ศูนย์นวัตกรรมและการเรียนรู้สมอง จิตใจ ครบวงจร" (Innovation and Learning; Brain Mind Mood) ภายใต้ชื่อย่อ IL-BMMC โดยการริเริ่มของ ดร.ศรัตน์ฌาธร สุริยะพันธ์ พยาบาลวิชาชีพชำนาญการพิเศษ จากการเปิดให้บริการคลินิกบำบัดการนอน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2561 ในคลินิกนอกเวลา โดยนวัตกรรม "Hand Boxes Activity" (กล่องเชื่อมโยงประสานกายใจ) และได้รับรางวัลนวัตกรรมประเภทสิ่งประดิษฐ์ทางการแพทย์และสาธารณสุขจากสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติทางด้านเทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์ ในปี พ.ศ. 2561

          ในปี พ.ศ. 2562 นวัตกรรม "Hand Boxes Activity" (กล่องเชื่อมโยงประสานกายใจ) ได้รับรางวัลเลิศรัฐ ระดับดี ด้านนวัตกรรมบริการสุขภาพ จากสำนักงานข้าราชการพลเรือนแห่งชาติ (กพร.) จากแนวคิดกายวิภาคศาสตร์ระบบการทำงานของระบบประสาท การกรอกลูกตา (Eye movement) และการบริการสมองแบบ Brain gym
      ศูนย์นวัตกรรมและการเรียนรู้สมอง จิตใจ ครบวงจร เป็นศูนย์กลางที่ให้บริการดูแล บำบัดและให้คำปรึกษาเฉพาะทางด้านการนอนหลับ และการเคลื่อนไหว พร้อมทั้งให้บริการทางด้านวิชาการและการเปิดการเรียนการสอนในหลักสูตร การฟื้นฟูสมอง จิตใจ ครบวงจร ขั้นพื้นฐานและขั้นสูง สำหรับประชาชนทั่วไป พยาบาลวิชาชีพและบุคลากรทางการแพทย์ โดยความร่วมมือกับ วิทยาลัยวิทยาการวิจัยและวิทยาการปัญญา มหาวิทยาลัยบูรพา