La civilización más antigua del Perú, data de 5300 a.C, la cual esta ubicada en la ciudad de Jaén. Teniendo como prueba, los restos arqueológicos de la Huaca Montegrande, lo cual reescribiría los orígenes de la historia peruana.

Es una provincia alto amazónica que por su proximidad a la región costera y altoandina, siempre estuvo sujeta a través del tiempo a la influencia de fuertes desarrollos regionales (como los Vicús, Moches, Chimús, Cajamarca, Chachapoyas, Tabaconas, Salliques y Chontalíes). Finalmente, sólo la parte de la sierra norte fue anexada al imperio del Tahuantinsuyo por Túpac Inca Yupanqui en la década de 1470 d. C.

Fue el capitán Juan Porcel quien fundó la primera ciudad, con el nombre de Nueva Jerez de la Frontera, por lo que después de 3 años la traslado a otro lugar a orillas del río Chuquimayo (actual río Chinchipe). Sobre las ruinas de esta segunda ciudad, el Capitán Diego Palomino fundó Jaén de Bracamoros en conexión con las numerosas tribus amazónicas que habitaban estas regiones y que se identificaban como garantes de indomable coraje y valentía.

Jaén de Bracamoros respaldó la independencia de Trujillo y proclamó su propia independencia de España y de la Real Audiencia de Quito, el 4 de junio de 1821, mérito que lo convierte en cuna de la peruanidad (corazón del Perú).

La Provincia fue creada el 19 de mayo de 1828. En sus inicios formó parte del departamento de Trujillo, luego de La Libertad, hasta 1855 año en que fue creado el Departamento de Cajamarca gesta que apoyó con el propósito de que en el futuro éste (Cajamarca) apoye la autonomía de Jaén, como nuevo departamento.