Pendidikan Moral telah berkembang secara konsisten lebih kurang empat dekad dalam sistem pendidikan di Malaysia. Sepanjang perkembangan Pendidikan Moral, terdapat pelbagai isu dan cabaran yang dihadapi oleh pelbagai pihak khususnya semua pemegang taruh (stake holders) yang terlibat aktif dalam melaksanakan kurikulum Pendidikan Moral.
1. Isu: Aspek Pengajaran dan Pembelajaran
Cabaran utama yang dihadapi dalam pengajaran dan pemudahcaraan adalah dari cara penyampaian isi kandungan dengan menggunakan kaedah, strategi pembelajaran dan teknik pengajaran yang efektif. Hal ini dikatakan demikian kerana, mata pelajaran ini memfokuskan teknik menghafal nilai-nilai sehingga pelajar lebih banyak menghafal 18 nilai murni berbanding daripada menghayati setiap unit pembelajaran. Tambahan lagi, terdapat guru yang memberitahu murid-muri sekiranya gagal menghafal nilai murni, maka mereka berpotensi untuk gagal dalam peperiksaan kerana mengingat nilai-nilai murni tersebut adalah penting.
Tambahan lagi, wujudnya masalah dengan bentuk kurikulum yang spiral. Perkara yang dimaksudkan dengan ini ialah nilai murni yang sama diajar setiap tahun. Kesannya, guru mengalami kesukaran dalam merancang aktiviti yang berbeza untuk nilai yang sama sehingga murid-murid mudah berasa bosan kerana hal yang sama diajarkan. Tambahan lagi, guru juga mengalami masalah dalam menilai ketiga-tiga aspek atau dimensi iaitu pemikiran, perasaan dan tingkah laku moral dalam diri murid dengan tepat. Penilaian masih dapat dicapai namun memerlukan jangka masa yang panjang untuk mengenal pasti ketiga-tiga dimensi moral tersebut.
2. Isu: Guru pendidikan Moral
Cabaran pada masa kini ialah, banyak tanggapan daripada pihak berkuasa yang mengatakan bahawa semua guru di sekolah adalah guru moral dan boleh mengajar mata pelajaran Pendidikan Moral. Tambahan lagi, terdapat guru yang tidak mempunyai kelayakan dalam mengajar Pendidikan Moral namun diminta untuk mengajar subjek Pendidikan Moral tersebut. Kesannya, ilmu yang sepatutnya diberikan kepada murid-murid tidak dapat diberikan sepenuhnya oleh guru kerana tidak dapat mendalami subjek Pendidikan Moral. Bukan itu sahaja, kelemahan penguasaan ilmu pedagogi seterusnya telah memberi kesan kepada kualiti pengajaran dan pemudahcaraan (PdPc) Pendidikan Moral.
3. Isu: Status Pendidikan Moral berbanding dengan mata pelajaran lain
Cabaran yang dihadapi ialah, sikap pengurusan sekolah terhadap mata pelajaran Pendidikan Moral. Hal ini bermaksud masa yang sepatutnya diajar dengan subjek Pendidikan Moral digunakan sebagai pengisian untuk mengajar subjek lain. Contohnya, terdapat guru yang menggunakan waktu Pendidikan Moral untuk mengajar mata pelajaran lain yang lebih penting seperti subjek Matematik, Sains dan English. Keadaan seperti ini sering berlaku terhadap kelas-kelas bukan SPM seperti kelas tingkatan 1 sehingga tingkatan 3. Hal ini demikian kerana, subjek Pendidikan Moral dianggap sebagai subjek yang tidak penting untuk pelajar yang berada pada peringkat menengah bawah. Namun demikian, perspektif sedemikian sememangnya salah kerana subjek Pendidikan Moral bukan sahaja penting sebagai persiapan untuk pelajar mendapat keputusan yang cemerlang dalam peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia kelak tetapi juga sangat penting dalam membentuk personaliti pelajar yang mencakupi aspek emosi, intelek, rohani, jasmani dan sosial selari dengan Falsafah Pendidikan Negara.
Selain itu, kegagalan mata pelajaran Pendidikan Moral dalam menangani masalah sosial masyarakat telah menjadi cabaran dalam isu ini. Seperti yang kita ketahui, subjek Pendidikan Moral merupakan satu-satunya subjek subjek di sekolah yang mengajar murid-murid tentang nilai murni yang sekali gus bertujuan untuk melahirkan para pelajar yang mempunyai akhlak yang baik. Namun demikian, isu seperti vandalisme, gengterisme, pergaduhan, ponteng sekolah, melepak, merokok dan banyak lagi semakin menjadi-jadi di sekolah. Hal ini sememangnya berlaku disebabkan oleh pengaruh daripada budaya barat selari dengan kemajuan teknologi pada masa kini. Kesannya, subjek Pendidikan Moral dianggap tidak mampu atau gagal membentuk akhlak yang baik dalam diri pelajar.
4. Isu: Budaya Sekolah
Cabaran yang dihadapi untuk isu ini ialah, budaya sekolah yang tidak menggalakkan amalan moral dalam kalangan murid-murid di sekolah. Hal ini dikatakan demikian kerana, jika dilihat sering kali peraturan yang ada di sesebuah sekolah adalah berbentuk negatif. Sebagai contohnya, peraturan yang melibatkan hukuman atau denda dan kurang menggalakkan peraturan positif seperti ganjaran atau motivasi. Oleh hal yang demikian, situasi ini menyebabkan murid-murid tidak dapat melihat dan menghayati nilai moral di sekolah. Hal yang sepatutnya diberikan oleh murid-murid yang bersalah adalah memberikan mereka lebih banyak nasihat dan kata-kata motivasi yang dapat menyentuh hati mereka, sehingga mampu mengubah diri mereka ke arah yang lebih baik.
Tambahan lagi, terdapat segelintir guru yang bersikap “berkecuali” terhadap pemupukan nilai dalam diri murid-murid. Contohnya, apabila salah seorang daripada murid yang disayanginya telah membuat kesalahan, guru tersebut tidak berani untuk menegur murid tersebut kerana risau akan hubungan baik di antara murid dan guru akan terjejas. Hal ini sememangnya akan menyebabkan pemupukan nilai moral sukar untuk dibina di kalangan murid sekolah.