研究内容
研究内容
多様な緑藻を使った環境応答システムの理解
(助教時代@北里大~)
Keywords: 緑藻,クラミドモナス,非モデル生物,ゲノム,トランスクリプトーム
緑藻類は陸上植物と起源を同じくする光合成生物(一次植物)です.我々はこれら一次植物に共通した環境応答メカニズムに興味をもち,解析しています.いわゆるバイオ実験のみならず,公開されている/我々が新規に取得したゲノム・トランスクリプトームデータを解析するアプローチもとっています.
植物の溢泌 (いっぴつ) と排水組織
(学部学生時代@京大~)
Keywords: シロイヌナズナ,溢泌,排水組織,トランスクリプトーム,組織イメージング,イオノーム
早朝に植物の葉を見ると水滴がついているのを見かけます.この水滴は一般には朝露などと呼ばれて親しまれていますが,植物の体から出てきた体液であることはあまり知られていません.この水滴を放出する現象を溢泌 (いっぴつ) guttationといい,溢泌を担う微小な組織を排水組織 hydathode といいます.私はこの現象や組織を理解するため,モデル植物シロイヌナズナを用いて解析を行っています.
主な発表論文
Yagi H., Nagano AJ., ...., Shimada T. (2021)
Fluorescent protein-based imaging and tissue-specific RNA-seq analysis of Arabidopsis hydathodes.
Journal of Experimental Botany, 72(4) 1260–1270 https://doi.org/10.1093/jxb/eraa519
Yagi H., Tamura K., Matsushita T., Shimada T. (2021)
Spatiotemporal relationship between auxin dynamics and hydathode development in Arabidopsis leaf teeth.
Plant Signaling & Behavior, 16(12) e1989216 https://doi.org/10.1080/15592324.2021.1989216
植物の姿勢制御機構
(ポスドク時代@甲南大~)
Keywords: シロイヌナズナ,屈性,定量生物学
植物は様々な環境刺激に応じて,自らの姿勢を変化させ,環境に適応します.例えば,茎は一度倒れてもすぐに重力方向を感知し,真っすぐ上に伸びようと曲がります (重力屈性 gravitropism).これらの仕組みは昔からよく研究されてはいますが,まだまだ分かっていないことも多いです.私は植物の姿勢の評価法を開発するなどして,この現象の詳細の解明を試みています.
主な発表論文
Yagi H., Hara-Nishimura I., Ueda H. (2024)
Quantitative analysis of the root posture of Arabidopsis thaliana mutants with wavy roots.
Quantitative Plant Biology, 5:e9. https://doi.org/10.1017/qpb.2024.12
Hosokawa C., Yagi H., ..., Shimada T. (2023)
The Arabidopsis katamari2 mutant exhibits a hypersensitive seedling arrest response at the phase transition from heterotrophic to autotrophic growth.
Plant Cell and Physiology, 65(3) 350-361 https://doi.org/10.1093/pcp/pcad156
シロイヌナズナのLarge scale RNA-Seq解析
(ポスドク時代@甲南大~)
Keywords: トランスクリプトーム,ビッグデータ解析
植物を含めたあらゆる生物はゲノム中の遺伝子を常に全て使っている訳ではありません.その細胞種や環境に応じて,発現(機能)させる遺伝子を変化させています.どのような遺伝子が発現しているかを網羅的に検出する技術をRNA-seqといいます.私たちはシロイヌナズナのRNA-seqデータを大量に取得し,そのデータから植物の未知なるメカニズムを見出すことに挑戦しています.論文準備中.
主な学会発表
八木宏樹, 永野惇
網羅的な転写因子変異体コレクションのRNA-Seq解析
第65回日本植物生理学会年会 (2024)
李河映, 八木宏樹, 佐藤綾人, 永野惇
化合物および転写因子ノックアウトによるトランスクリプトーム応答のデータベース
第67回日本植物生理学会年会 (2026)
3Dプリンタの植物科学への有効活用
(助教時代@北里大~)
Keywords: 3Dプリンタ
近年の家庭用3Dプリンタは安いうえに精度も高く造形できる.植物・藻類科学,あるいは生物教育分野にもこの技術を有効活用したい!という活動も最近始めました.
主な学会発表
八木宏樹, 得津縁, 江原颯太, 得津隆太郎
初心者による研究室への3Dプリンタ導入記
第19回クラミドモナス研究会 (2026)