森 秀人/Mori Hideto, 博士(学術）

学歴

• 2023年3月 博士 (学術)、 先端生命科学プログラム、慶應義塾大学

• 2018年3月 修士 (政策・メディア)、 先端生命科学プログラム、慶應義塾大学

• 2016年4月 学士 (環境情報学)、環境情報学部、慶應義塾大学

職歴

• 2023年4月-現在 特任准教授 (常勤)、大阪大学ヒューマン・メタバース疾患研究拠点 (PRIMe)

• 2021年4月-2023年3月 研究助手 (TTCK フェローシップ)、慶應義塾大学先端生命科学研究所

• 2016年9月-2021年3月 学術支援職員、東京大学先端科学技術研究センター 

• 2018年4月-2020年3月 助教 (有期・研究奨励I)、慶應義塾政策・メディア研究科

• 2014年4月-2018年3月 研究助手 (TTCK フェローシップ)、慶應義塾大学先端生命科学研究所

現在までの研究活動

• 2021-2023 哺乳類における精子と卵子の種特異的な結合メカニズムの解明。
  @伊川研究室、東京大学医科学研究所

• 2019-2021 新規ゲノム編集モジュールのスクリーニング。
  @谷内江研究室、東京大学先端科学技術研究センター 

• 2019-2021 繰り返しDNA配列の新規アセンブリ手法の開発。
  @谷内江研究室、東京大学先端科学技術研究センター 

• 2016-現在 ゲノム編集の開発と応用を支援するソフトウェアツール群の開発。
  @谷内江研究室、東京大学先端科学技術研究センター、大阪大学ヒューマン・メタバース疾患研究拠点

  • 2016-2018 新規ゲノム編集関連DNA (https://github.com/yachielab/SPADE).  

  • 2018-現在 ゲノム編集結果の汎用的解析プラットフォーム.

  • 2018-2020 塩基編集結果の予測モデル (https://github.com/yachielab/base-editing-prediction).

  • 2020-現在 再現性のあるDNA配列構築プロトコルの共有を可能にするフレームワーク (https://github.com/yachielab/QUEEN)

• 2013-2016 Web ブラウザを用いた汎用的細胞シミュレーション環境の構築
  @内藤研究室、慶應義塾大学先端生命科学研究所

プレプリント

1. Ishiguro S†, Ishida K†, Sakata RC†, Mori H, Takana M, King S, Bashth O, Ichiraku M, Masuyama N, Takimoto R, Kijima Y, Adel A, Toyoshima H, Seki M, Oh JH, Archambault AS, Nishida K, Kondo A, Kuhara S, Aburatani H, Klein Geltink RI, Takashima Y, Shakiba N, Yachie N.
   A multi-kingdom genetic barcoding system for precise target clone isolation.
   bioRxiv. 2023 Jan 19, doi: https://doi.org/10.1101/2023.01.18.524633
   †These authors equally contributed to this work.

国際査読付き論文

1. Nakane T, Nakagawa R, Ishiguro S, Okazaki S, Mori H, Shuto Y, Yamashita K, Yachie N, Nishimasu H, Nureki O.
   Structure and engineering of Brevibacillus laterosporus Cas9.
   Commun Biol. 2024 Jul 3;7(1):803. doi: 10.1038/s42003-024-06422-z. PMID: 38961195; PMCID: PMC11222456.

2. Ozawa M, Mori H, Endo T, Ishikawa-Yamauchi Y, Motooka D, Emori C, & Ikawa M. (2023).
   Age-related decline in spermatogenic activity accompanied with endothelial cell senescence in male mice.
   iScience, 108456. https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.108456 ​

3. Hino T, Omura SN, Nakagawa R, Togashi T, Takeda SN, Hiramoto T, Tasaka S, Hirano H, Tokuyama T, Uosaki H, Ishiguro S, Kagieva M, Yamano H, Ozaki Y, Motooka D, Mori H, Kirita Y, Kise Y, Itoh Y, Matoba S, Aburatani H, Yachie N, Karvelis T, Siksnys V, Ohmori T, Hoshino A, Nureki O.
   An AsCas12f-based compact genome-editing tool derived by deep mutational scanning and structural analysis.
   Cell. 2023 Sep 22:S0092-8674(23)00963-7. doi: 10.1016/j.cell.2023.08.031. 

4. Oura S, Mori H, Ikawa M.
   Genome editing in mice and its application to the study of spermatogenesis.
   Gene and Genome Editing. 2022 Dec;3-4:100014. doi:10.1016/j.ggedit.2022.100014. 

5. Mori H, Yachie N.
   A framework to efficiently describe and share reproducible DNA materials and construction protocols.
   Nature Communications. 2022 May 24;13(1):2894. doi: 10.1038/s41467-022-30588-x. PMID: 35610233; PMCID: PMC9130275.

6. Nakagawa R, Ishiguro S, Okazaki S, Mori H, Tanaka M, Aburatani H, Yachie N, Nishimasu H, Nureki O.
   Engineered Campylobacter jejuni Cas9 variant with enhanced activity and broader targeting range.
   Communications Biology. 2022 Mar 8;5(1):211. doi: 10.1038/s42003-022-03149-7. PMID: 35260779; PMCID:PMC8904486.

7. Konno N, Kijima Y†, Watano K†, Ishiguro S†, Ono K, Tanaka M, Mori H, Masuyama N, Pratt D, Ideker T, Iwasaki W, Yachie N.
   Deep distributed computing to reconstruct extremely large lineage trees.
   Nature Biotechnology. 2022 Apr;40(4):566-575. doi: 10.1038/s41587-021-01111-2. Epub 2022 Jan 6. PMID:34992246.
   †These authors equally contributed to this work.

8. Fukushima T, Tanaka Y, Adachi K, Masuyama N, Tsuchiya A, Asada S, Ishiguro S, Mori H, Seki M, Yachie N, Goyama S, Kitamura T.
   CRISPR/Cas9-mediated base-editing enables a chain reaction through sequential repair of sgRNA scaffold mutations.
   Scientific Reports. 2021 Dec 13;11(1):23889. doi: 10.1038/s41598-021-02986-6. PMID: 34903756; PMCID: PMC8668876.

9. Yamamuro T, Nakamura S, Yamano Y, Endo T, Yanagawa K, Tokumura A, Matsumura T, Kobayashi K, Mori H, Enokidani Y, Yoshida G, Imoto H, Kawabata T, Hamasaki M, Kuma A, Kuribayashi S, Takezawa K, Okada Y, Ozawa M, Fukuhara S, Shinohara T, Ikawa M, Yoshimori T.
   Rubicon prevents autophagic degradation of GATA4 to promote Sertoli cell function.
   PLoS Genetics. 2021 Aug 5;17(8):e1009688. doi: 10.1371/journal.pgen.1009688. PMID: 34351902; PMCID: PMC8341604.

10. Sakata RC†, Ishiguro S†, Mori H†, Tanaka M, Tatsuno K, Ueda H, Yamamoto S, Seki M, Masuyama N, Nishida K, Nishimasu H, Arakawa K, Kondo A, Nureki O, Tomita M, Aburatani H, Yachie N.
    Base editors for simultaneous introduction of C-to-T and A-to-G mutations.
    Nature Biotechnology. 2020 Jul;38(7):865-869. doi: 10.1038/s41587-020-0509-0. Epub 2020 Jun 2. PMID: 32483365.
    †These authors equally contributed to this work.

11. Murai Y, Masuda T, Onuma Y, Evans-Yamamoto D, Takeuchi N, Mori H, Masuyama N, Ishiguro S, Yachie N, Arakawa K.
    Complete Genome Sequence of Bacillus sp. Strain KH172YL63, Isolated from Deep-Sea Sediment.
    Microbiology Resource Announcements. 2020 Apr 16;9(16):e00291-20. doi: 10.1128/MRA.00291-20. PMID: 32299884; PMCID: PMC7163022.

12. Masuyama N†, Mori H†, Yachie N.
    DNA barcodes evolve for high-resolution cell lineage tracing.
    Current Opinion Chemical Biology. 2019 Oct;52:63-71. doi: 10.1016/j.cbpa.2019.05.014. Epub 2019 Jun 15. PMID: 31212208.
    †These authors equally contributed to this work.

13. Ishiguro S, Mori H, Yachie N.
    DNA event recorders send past information of cells to the time of observation.
    Current Opinion Chemical Biology. 2019 Oct;52:54-62. doi:10.1016/j.cbpa.2019.05.009. Epub 2019 Jun 11. PMID: 31200335.

14. Evans-Yamamoto D, Takeuchi N, Masuda T, Murai Y, Onuma Y, Mori H, Masuyama N, Ishiguro S, Yachie N, Arakawa K.
    Complete Genome Sequence of Psychrobacter sp. Strain KH172YL61, Isolated from Deep-Sea Sediments in the Nankai Trough, Japan.
    Microbiology Resource Announcements. 2019 Apr 18;8(16):e00326-19. doi: 10.1128/MRA.00326-19. PMID: 31000557; PMCID: PMC6473151.

15. Mori H, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M, Yachie N.
    Fast and global detection of periodic sequence repeats in large genomic resources.
    Nucleic Acids Research. 2019 Jan 25;47(2):e8. doi: 10.1093/nar/gky890. PMID: 30304510; PMCID: PMC6344855.

16. Nishimasu H, Shi X, Ishiguro S, Gao L, Hirano S, Okazaki S, Noda T, Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Mori H, Oura S, Holmes B, Tanaka M, Seki M, Hirano H, Aburatani H, Ishitani R, Ikawa M, Yachie N, Zhang F, Nureki O.
    Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space.
    Science. 2018 Sep 21;361(6408):1259-1262. doi: 10.1126/science.aas9129. Epub 2018 Aug 30. PMID: 30166441; PMCID: PMC6368452.

17. Yachie, N., Robotic Biology Consortium (Mori H was involved in the IT group), & Natsume, T. Robotic Biology Consortium, Natsume T.
    Robotic crowd biology with Maholo LabDroids.
    Nature Biotechnology. 2017 Apr 11;35(4):310-312. doi: 10.1038/nbt.3758. PMID: 28398329.

総説

1. 坂田 莉奈 & 森 秀人 細胞プログラミング技法と治療応用③. 実験医学 37, 13, 2197-2202 (2019)

2. 坂田 莉奈 & 森 秀人 細胞プログラミング技法と治療応用②. 実験医学 37, 10, 1838-1846 (2019)

3. 坂田 莉奈 & 森 秀人 細胞プログラミング技法と治療応用①. 実験医学 37, 8, 1324-1333 (2019)

4. 森 秀人 & 谷内江 望 新規ゲノム編集ツールを探索する. 月刊細胞 51, 3, 114-118 (2019)

5. 森 秀人 DNAイベントレコーダーによって細胞の過去の状態を知る. 実験医学 37, 3 , 440-448 (2019)

6. 森 秀人 & 石黒 宗 ウェットなデータストレージメディアとしてのDNA. 実験医学 37, 1, 106-112 (2019)

7. 森 秀人. 谷内江 望（翻訳）Carvunis A-R & Ideker T. Siri of the cell. 〜生物学はiPhoneから何を学べるだろうか〜. 実験医学別冊 (2017)

招待公演、講義

1. 森 秀人. 新規ゲノム編集システムの開発にむけた汎用的ソフトウェア群の開発. 2019年度 医学研セミナー(招待公演), 東京都医学総合研究所, 2020年2月

学会発表（ポスター）

1. Mori H, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M &Yachie N. SPADE for exploring periodic sequence repeats as potential genome editing modules, Frontiers in Genome Engineering 2019, Kobe, Japan, November 2019

2. Mori H, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M &Yachie N. SPADE for exploring periodic sequence repeats as potential genome editing modules, The 20th International Conference on Systems Biology, Okinawa, Japan, November 2019

3. Mori H, Masuyama N, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Sakata R, Nishimatsu H, Tomita M, Miyaoka Y, Nureki O, Hiroyuki A and Yachie N. DIAMOND: fully automated software to analyze amplicon sequencing data. Keystone Symposia Conference on Genome Engineering: From Mechanisms to Therapies, Victoria, Canada, February 2019

4. Mori H, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M & Yachie N. Fast and global detection of periodic sequence repeats in large genomic resources. RECOMB Comparative Genomics 2018, Quebec, Canada, October 2018

5. MoriH, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M &Yachie N. Exploration of periodically patterned DNA elements in genomic and metagenomic sequences. 12th International Workshop on Advanced Genomics, Tokyo Japan, June 2017

奨学金・グラント

1. 日本学術振興会 特別研究員 (DC2) (2020年4月 – 2022年9月).