La Hermandad fue fundada en 1954 con el nombre Hermandad de San Juan Evangelista, procesionando como titular una talla de San Juan Evangelista, copia de San Juan del escultor Francisco Salzillo. En 1957 se incorporó la imagen del Santísimo Cristo de la Flagelación. Posteriormente, siendo presidente de la Hermandad Diego Herrera Jiménez, se añadió la Virgen del Mayor Dolor, procedente de talleres industriales, que sería sustituida en 1967 por Nuestra Señora de la Esperanza.
Las imágenes recibieron culto inicialmente en la iglesia de San Martín hasta que, en 1973, fueron trasladadas a Santa María debido al deterioro del retablo donde se encontraban expuestas. En este traslado, el Cristo de la Flagelación fue ubicado en un hueco del muro a la derecha de la entrada principal; San Juan Evangelista pasó a la Capilla de los Caídos, junto a la Virgen del Mayor Dolor y el Cristo de los Caídos; y la Virgen de la Esperanza se situó en la capilla de entrada a la Sacristía.
El progresivo deterioro de la Hermandad provocó la suspensión de cultos y procesiones durante seis años, desde 1980 hasta 1986, cuando estos fueron retomados.
En 1995, bajo la presidencia de Pedro Reyes Barranco, se produce una importante etapa de renovación, modificándose el hábito recogido en los estatutos y realizándose un nuevo trono, portado por cuarenta promitentes, que sustituyó al anterior con ruedas. En estos años, la Hermandad llegó a contar con cerca de seiscientos hermanos.
En 1996 se estrenó un nuevo trono para Nuestra Señora de la Esperanza, portado exclusivamente por mujeres. Ese mismo año fueron aprobados los nuevos estatutos por el obispo de Jaén, Santiago García Aracil.
Con motivo de las obras de remodelación de la plaza de Santa María en 1998, se planteó el regreso de la salida procesional desde San Martín, decisión que se hizo efectiva en 1999, acortando considerablemente el recorrido y mejorando la participación del público.
Ese mismo año, 1999, y vistos los buenos resultados, las imágenes fueron trasladadas definitivamente a San Martín, donde se instaló un nuevo altar costeado por la Hermandad. Dicho altar fue colocado en agosto de 1999 y bendecido el día 22, tras la misa de doce, por el párroco D. Ricardo González Huertas.