Dentro de cada unidade do FBI, os agentes podem escolher especializações que permitem assumir funções específicas e ampliar sua atuação dentro da instituição. Essas especializações podem proporcionar aumento de salário, prestígio e reconhecimento, além de conceder novas responsabilidades e possibilidades dentro das missões.

Para obter uma especialização, o agente deverá cumprir os requisitos necessários e realizar um treinamento específico, responsável por avaliar seus conhecimentos, habilidades e preparo para exercer a função. Os treinamentos são conduzidos pelos cargos de poder supremo dentro do FBI de cada divisão, que ficam responsáveis por orientar, avaliar e aprovar os agentes. Ou também podem ser aplicados pelos instrutores. 

Após a conclusão e aprovação no treinamento, o agente recebe oficialmente a especialização, podendo exercê-la em missões e atividades compatíveis com sua função. Lembrando que os agentes só podem fazer especializações de suas areas de atuação.