Uno de los principales puntos de crítica a la teoría educativa de Herbart es su supuesto énfasis excesivo en la memorización y la repetición de contenidos. Algunos pedagogos consideran que el modelo de los "cinco pasos formales" puede conducir a un aprendizaje superficial, donde los estudiantes se limitan a memorizar información sin llegar a una comprensión profunda de los temas. Esta visión choca con las tendencias modernas que buscan fomentar un aprendizaje más activo y significativo.

Otra crítica a la teoría de Herbart es que su modelo didáctico puede resultar demasiado rígido y poco flexible. La prescripción de los cinco pasos formales como una secuencia estricta ha sido cuestionada por pedagogos que abogan por enfoques más adaptables, que permitan al docente ajustarse a las necesidades y características particulares de cada grupo de estudiantes. La rigidez metodológica podría limitar la creatividad y la innovación en el aula.

Algunos expertos también han señalado que la teoría de Herbart tiene una visión un tanto limitada del estudiante, al concebirlo principalmente como un receptor pasivo de información. Si bien Herbart reconocía la importancia de la apercepción, es decir, la integración de los nuevos conocimientos con los previos, su modelo tiende a enfatizar el papel del docente como transmisor de conocimientos, sin otorgar suficiente protagonismo a la actividad y la iniciativa del alumno en el proceso de aprendizaje.

Otra crítica recurrente a la teoría de Herbart es que no presta suficiente atención a la dimensión social del aprendizaje. Si bien el filósofo alemán reconocía la importancia de la interacción entre estudiantes y docentes, sus propuestas se enfocan principalmente en el trabajo individual y la relación uno a uno. Pedagogías más recientes han resaltado la importancia de fomentar el aprendizaje colaborativo y el desarrollo de habilidades sociales en el aula.

La teoría de Herbart ha tenido un impacto significativo en la forma en que los maestros planifican y estructuran sus lecciones. El modelo de los "cinco pasos formales" (preparación, presentación, asociación, sistematización y aplicación) sigue siendo ampliamente utilizado como una guía para organizar las actividades y garantizar un aprendizaje gradual y efectivo. Estos pasos ayudan a los docentes a conectar los nuevos contenidos con los conocimientos previos de los estudiantes, mantener su atención y motivación, y fomentar la integración y aplicación práctica de los aprendizajes.

Inspirados por la importancia que Herbart otorgaba a la apercepción, es decir, a la integración de los nuevos conocimientos con los esquemas mentales existentes, muchos pedagogos contemporáneos han desarrollado enfoques de aprendizaje por descubrimiento. Estos métodos buscan que los estudiantes construyan activamente su propio conocimiento a través de la exploración, la investigación y la resolución de problemas, en lugar de limitarse a la mera recepción pasiva de información. De esta manera, se fomenta una comprensión más profunda y la capacidad de transferir lo aprendido a nuevos contextos.

Otra aplicación práctica de la teoría de Herbart se encuentra en el campo de la atención a la diversidad. Al reconocer la importancia de partir de los intereses, necesidades y conocimientos previos de los estudiantes, los docentes pueden diseñar estrategias de enseñanza más personalizadas y adaptadas a las particularidades de cada individuo o grupo. Esta visión holística del proceso de aprendizaje ha influido en el desarrollo de prácticas educativas inclusivas y en la implementación de adaptaciones curriculares y metodológicas que responden a la heterogeneidad de los estudiantes.

La teoría de Herbart también ha contribuido a la evolución de las prácticas de evaluación educativa. Al enfatizar la importancia de la integración de nuevos conocimientos con los previos, los principios herbarianos han fomentado enfoques de evaluación más formativos, que van más allá de la mera medición de resultados y se centran en el seguimiento y retroalimentación del proceso de aprendizaje. Esto permite a los docentes identificar las fortalezas y dificultades de los estudiantes, y ajustar sus estrategias didácticas en consecuencia, con el fin de garantizar un aprendizaje más significativo y durad