Merge conflict ehk merge konflikt tekib töötades mitu branchidega. See tekib tavaliselt siis, kui mitu inimest on sama koodirea muutnud või keegi on kustutanud faili siis, mille sees oli kellegi teise muudatused. Üldjuhul oskab Git ise harud kokku panna, kuid varem mainitud juhtudel Git vajab kasutaja sekkumist. [11]
Git pull on käis, et alla laadida kaughoidlast faile ja kohe lookalset hoidlat uuendada.
Selleks et Git näitaks, mis konflikt juhtus, kasuta järgmist käsku: git status. Et probleemisisaldava faili vaadata kasuta cat faili_nimi. Näide puhul käsk kuivitab sellist asja:
Rida ======= on konflikti "keskpunkt". Kogu sisu keskpunkti ja <<<<<<< HEAD vahel on sisu, mis eksisteerib praeguses haru põhiosas, millele osutab HEAD viide. Kogu sisu keskpunkti ja >>>>>>> new_branch_to_merge_later vahel sisu, mis on meie uues harus.
Kõige otsesem viis merge konflikti lahendamiseks on konfliktse faili muutmine ja siis uuesti selle commit'imine. [11]