Ngày 18/05/1988, Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện đã ra quyết định số 1252/TCCB-LĐ thành lập “Trung tâm đào tạo, bồi dưỡng tại chức Giao thông vận tải tại thành phố Hồ Chí Minh” và sau đó chuyển đổi thành “Trung tâm đại học Hàng hải phía Nam” (quyết định số 968/TCCB-LĐ ngày 14/01/1989).
Trong năm học đầu tiên 1988 -1989, với 20 cán bộ, giảng viên, Trung tâm đã tuyển được 253 sinh viên các ngành Điều khiển tàu biển, Khai thác Máy tàu thủy, Điện tàu thủy, Kinh tế vận tải biển, Cơ giới hóa xếp dỡ, Xây dựng công trình thủy, Sửa chữa máy tàu biển, Đóng tàu thủy cho các hệ chính quy, ngắn hạn, tại chức. Việc khai giảng khóa đào tạo chính quy đầu tiên trên đã đặt cột mốc quan trọng cho quá trình hình thành và phát triển Trường ĐH Giao thông vận tải TP.HCM.
Ngày 20/08/1991, Bộ Giao thông vận tải có quyết định số 1665 QĐ/TCCB-LĐ chuyển đổi tổ chức và hoạt động của Trung tâm đại học Hàng hải phía Nam thành Phân hiệu Đại học Hàng hải trực thuộc trường Đại học Hàng hải.
Hình ảnh chào cờ đầu tuần của sinh viên khi Nhà trường còn là Phân hiệu Đại học Hàng hải
Sau thẩm định của các cơ quan chức năng, ngày 26/04/2001, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định số 66/2001/QĐ-TTg thành lập Trường Đại học Giao thông vận tải TP.HCM trực thuộc Bộ Giao thông vận tải trên cơ sở Phân hiệu Đại học hàng hải.
Lễ khai giảng năm học 2001-2002
Từ năm 2001 đến nay, Trường Đại học Giao thông vận tải TP.HCM tích cực xây dựng đội ngũ cán bộ giảng viên. Nhà trường chủ trương nâng cao chất lượng đào tạo đại học, đổi mới cơ sở vật chất, giáo trình và cải tiến phương pháp giảng dạy. Trường vận động các tổ chức cấp nhiều học bổng cho sinh viên, nhiều dự án trang bị phòng thí nghiệm và nghiên cứu có giá trị lớn.
Hơn 30 năm đã trôi qua, nhiều thế hệ sinh viên ra trường, mang tài năng, sức lực và kiến thức đã học được cống hiến cho đất nước. Nhiều thế hệ cán bộ, công chức, giảng viên, nhân viên đã gắn bó đời mình với ngôi trường này, chứng kiến bao đổi thay, bao niềm vui và những nỗi lo toan