Рельеф села Ново-Кусково, расположенного в юго-восточной части Западно-Сибирской равнины, отличается исключительной равнинностью с довольно обширными равнинами и болотами. Особая экологическая ценность болот заключается в том, что они являются регулятором гидрологического режима стоков рек. Большую часть территории села занимают леса, также есть реки и озёра. Из полезных ископаемых на территории села расположены месторождения сырья для строительных материалов: глины, песка, гравия.

Климат. Село Ново-Кусково находится в пределах умеренного климатического пояса, тип климата - континентальный. Зима холодная и продолжительная (средняя температура января около −19°С); зима длится почти 5 месяцев. Лето тёплое, короткое (средняя температура июля +18°С) и длится в третьей декады мая по вторую декаду сентября. Весенний и осенний сезон не продолжительный и составляет около одного месяца. Вегетационный период для растений составляет около 150 суток. Среднее годовое количество осадков около 600 мм в год. Средняя высота снежного покрова 60-80 см, снег держится примерно 180 дней. Повсеместно развита сезонная мерзлота, районов многолетней мерзлоты нет. Глубина промерзания грунтов от 0,5-0,6 м на торфяниках и в среднем 1,0-2,0 м на равнине (в зависимости от погоды зимой).

Внутренние воды.Общие запасы внутренних вод велики.

Все реки на территории села Ново-Кусково являются притоками Оби, которая свои воды несет в Обскую губу, затем Карское море и относятся к бассейну Северного Ледовитого океана. В пределах села Ново-Кусково протекают реки Чулым – самая крупная река на территории села, а также Соколы, Курья, протока Алтарык. По режиму все реки относятся к рекам с весенним половодьем. Имеют смешанный тип питания с преобладанием снегового.

Самыми крупными озерами являются Поскотское, Лангуша, Конопляное и другие меньшие по площади. Все озера небольшие по площади, пресные.

Территория села находится в пределах крупного бассейна подземных вод.

Природная зона.Территория села расположена в пределах природной зоны смешанных лесов с преобладанием серых лесных (довольно плодородных), дерново-подзолистых, болотистых и пойменных почв.

Растительный мир смешанных лесов разнообразен: хвойные, лиственные деревья, кустарники, травянистые и цветковые растения. Имеются дикоросы: ягоды, грибы, кедровый орех, лекарственные травы.

Животный мир также разнообразен и объединяет разные группы беспозвоночных, рыб, земноводных, рептилий, птиц, млекопитающих. Некоторые виды относятся к охотничье-промысловым животным: лось, сибирская косуля, бурый медведь, волк, лисица, заяц-беляк, бобр, ондатра, белка, глухарь, тетерев, рябчик, белая куропатка. В нашем селе есть растения, грибы и животные, занесенные в Красную книгу Томской области: озерная лягушка, рогач жужелицевидный, рогач однорогий, водяной орех плавающий, осиновик белый и т.д.