SD Kupu-Kupu didirikan pada tahun 2005 dan berada di bawah naungan Yayasan Budaya Cerdas. Sekolah ini didirikan oleh Dr. Daoed Joesoef (alm) (Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI tahun 1978 - 1983), Sri Soelastri Joesoef, S.H. (alm), Dr. Bambang Pharmasetiawan, MSEE., dan drh. Sri Sulaksmi Damayanti Jusuf, Ph.D. (almh).

SD Kupu-Kupu menggunakan kurikulum nasional (Kurikulum 2013). Bahasa pengantar yang digunakan adalah bahasa Indonesia. Namun, SD Kupu-Kupu tetap mengajarkan bahasa Inggris kepada siswanya dalam bentuk mata pelajaran Bahasa Inggris dan Fun in English (FIE).