เนื้อเรื่องเล่าถึงช่วงปลายยุค เซนโกคุ ยุคที่ โชกุน อ่อนแอเหล่า ไดเมียว ต่างแย่งชิ่งความเป็นใหญ่เพื่อปกครองญี่ปุ่น ซึ่งเราจะได้รับบทเป็น โอคามิ ยอดนินจาผู้รับใช้ ไดเมียว แห่งแคว้น อาชินะ และได้สาบานตนว่าจะต้องปกป้องเจ้านายด้วยชีวิต แม้ถูกชิงตัวไปก็ต้องพากลับมาให้ได้ แล้วก็ถึงในวันที่แคว้น อาชินะ ถูกศัตรูบุกถล่มปราสาทจนย่อยยับ เหลือเพียง องค์ชาย วัยเยาว์ ที่รอดชีวิตมาได้ แต่ก็ถูกศัตรูจับตัวไปเพราะหวังจะใช้พลังสายเลือดมังกรในตัว องค์ชาย เพื่อทำแผนการบางอย่าง ส่วน โอคามิ นินจาผู้เหลือรอดได้รับพลังใหม่ที่ทำให้สามารถฟื้นคืนชีพได้ และได้รับแขนกลนินจาอาวุธที่ทรงประสิทธิภาพ เขาจึงกลายเป็นเป็นผู้เดียวที่จะช่วย องค์ชาย และล้างแค้นศัตรู รวมถึงสหายเก่าแห่ง อาชินะ ผู้ทรยศ ร่วมถึงถอดจิตรย้อนอดีตไปในวันที่แคว้น อาชินะ ถูกบุกโจมตี เพื่อตามหาความทรงจำของเขาที่หายไปกลับคืนมา

ตัวเกมส์เป็นแนว Action ต่อสู้ ลอบเร้น ผจญภัยในฉากแผนที่ ที่กว้างใหญ่ มีเส้นทางใหม่ให้ไปต่อมากมายทั้งในเหตุการณ์ปัจุบันที่ อิชินะ ล่มสลายไปแล้ว และอีกเส้นทางคือการย้อนอดีตโดยใช้กระดิ่งไปอธิษฐานที่พระพุทธรูป ก็จะสามารถถอดจิตรกลับไปยังเหตุการ์เมื่อ 3 ปีก่อนในวันที่ อาชินะ ล่มสลายได้ ซึ่งการจะผ่านด่านไปในแต่ละจุด จะมีบอสใหญ่ที่แข็งแกร่งขวางทางอยู่ ซึ่งความยากสุดโหด นั้นคือความสนุกที่ท้าทายฝีมือผู้เล่นแบบเดียวกับ Dark Soul ที่หลายคนชื่นชอบ ป้องกันบวกหลบหลีกการโจมตีในเสี้ยววินาที จดจำรูปแบบการโจมตีของศัตรูและใช้ดาบปัดการโจมตีให้ตรงจังหวะ เพื่อสร้างโอกาสในการทำดาเมจ ตีศัตรูจนเกจพลังอ่อนล้าเต็มก็สามารถโจมตี 1 Hit Kill ได้ และด้วยพลังที่ได้รับมาจากองค์ชาย ทำให้เราฟื้นคืนชีพได้ 1 ครั้งถ้าตายครั้งที่ 2 คือตายจริงและจะเสียเงินที่เก็บมาไปครึ่งหนึ่ง แต่สำหรับเกม SEKIRO ก็ยังมีตัวช่วย ที่ทำให้เกมส์ไม่ยากจนเกินไป โดยเราสามารถแอบฟังศัตรูระหว่างทางเพื่อหาข้อมูลจุดอ่อนของบอส ซึ่งอาจเป็นได้ทั้ง ไอเทมนินจา วิชาประจำสำนัก อุปกรณ์แขนกลนินจา ที่บอสตัวนั้นแพ้ทาง ซึ่งจะช่วยให้เอาชนะได้ง่ายขึ้น