Você controlará Connor, um cientista que entra em um portal no final do primeiro jogo e acaba sendo enviado para um passado distante — um tempo onde o mundo ainda não havia sido tocado pela poluição. O jogo começa em seu laboratório, agora em uma época estranhamente feliz e cheia de cores, mas que claramente não pertence a ele. Um lugar nostálgico... e desconcertante. 

A cada fase, Connor explora esse "passado limpo", tentando consertar o portal para voltar ao seu tempo. Mas algo mais está acontecendo. Ele começa a encontrar bilhetes deixados por seu pai, que revelam segredos do passado, indícios de uma possível ************* e um esforço desesperado para protegê-lo da maldade humana.