El clásico y máximo rival en la historia de Universitario es el club Alianza Lima. Famoso por sus vergonzosas actuaciones en distintos momentos. Actualmente La U tiene 27 títulos, mientras que Alianza tiene para algunos 25 y para otros 22. La razón de porque les quitarían dos copas, es porque esas dos copas no son parte del fútbol profesional, ósea las consiguieron cuando todavía no existía el fútbol profesional en Perú. La rivalidad inicia un 23 de septiembre de 1928, en el llamado clásico de los “bastonazos”. La U anotaría el primer gol del partido, causando mucha molestia en los jugadores de Alianza. El equipo blanquiazul terminaría con 5 expulsados y los hinchas de ambos equipos agarrándose a bastonazos en la tribuna. Esta rivalidad quedaría para siempre y hasta ahora es el clásico del fútbol peruano.