Penyelenggaraan pendidikan kedokteran gigi di Universitas Mulawarman berawal dari pembukaan program studi yang bernaung di bawah Fakultas Kedokteran (FK) UNMUL, sebelum kemudian berkembang menjadi fakultas tersendiri. Landasan hukum penyelenggaraannya ditetapkan melalui Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 501/KPT/I/2016 tentang pembukaan Program Studi Kedokteran Gigi Program Sarjana serta Program Studi Profesi Dokter Gigi Program Profesi di Universitas Mulawarman.
Seiring berjalannya pendidikan dan meningkatnya kebutuhan wahana praktik serta layanan kesehatan gigi, Unmul memperkuat dukungan sarana melalui pendirian Rumah Sakit Gigi dan Mulut (RSGM). RSGM Unmul diresmikan pada 28 Oktober 2024 dan diproyeksikan menjadi wahana pendidikan dan praktik, sekaligus memperluas layanan kepada masyarakat. Penguatan kelembagaan kemudian berlanjut pada tingkat universitas. Pada 9 April 2025, Universitas Mulawarman menyampaikan bahwa dalam OTK baru Unmul berhasil membuka fakultas baru, yaitu Fakultas Kedokteran Gigi (FKG), disertai pelantikan pimpinan fakultas. Dengan demikian, FKG UNMUL berdiri sebagai unit organisasi tersendiri yang menaungi penyelenggaraan pendidikan kedokteran gigi di lingkungan Universitas Mulawarman.