病理學是介於基礎醫學與臨床醫學之間的學科，以提供臨床醫師對疾病治療之重要依據。本院解剖病理科成立於民國七十二年，九十年底醫院擴增後，本科亦擴大編制和設備，並搬遷至醫學研究大樓地下一樓迄今。目前本科編制有病理切片組（包括分生實驗室）、與細胞抹片組，成員包括7名病理專科醫師、6名兼任病理醫師、2名住院醫師、13名醫檢師及3名行政人員。

    本科主要負責各項組織病理及細胞病理診斷工作，以提供各科臨床醫師作為治療之依據或評估預後情形。並定期與各科就具有教學意義之病理案例進行討論，其科際討論會計有腸胃科一般外科討論會、腫瘤討論會、皮膚病理討論會、神經內外科討論會；並定期舉辦全院性教學活動：臨床病理討論會(CPC，Clinical pathological conference)及外科病理討論會(SPC，Surgical pathological conference)。