En septiembre de 2024, un partido contra Atlético Nacional en Medellín fue suspendido al minuto 55 tras una violenta pelea en las gradas que dejó al menos 20 a 25 heridos, algunos apuñalados o cortados con machetes. Las autoridades calificaron el incidente de actos criminales, y el partido tuvo que ser evacuado
Se documenta que Fuad Char, presidente del club, habría tenido presuntos vínculos con el Cartel de la Costa. Se asegura que financió al equipo para traer refuerzos internacionales durante las épocas de los primeros títulos deportivos (1977 y 1980)
Junior ha tenido múltiples episodios de desórdenes individuales en los últimos 20 años. Algunos ejemplos:
Eudalio Arriaga, Ricardo Ciciliano y Elson Becerra protagonizaron un escándalo en 2002.
En 2010, Carlos Bacca fue visto en estado de ebriedad en un concierto, saltando desde el escenario.
En 2013, Edinson Toloza, Jherson Córdoba y Tressor Moreno fueron captados en una fiesta la noche anterior a un partido importante
Durante la pretemporada de 2024, el mediocampista Homer Martínez se desplazó a Medellín sin permiso ante rumores de fichaje fallido, generando malestar instituciona.
En mayo de 2025, el entrenador César Farías tuvo un enfrentamiento con el delantero Marco Pérez, quien no estaba sumando minutos, y también conflictos con el volante Andrés Colorado por diferencias de enfoque deportivo
En septiembre de 2024, hinchas mostraron pancartas contra jugadores y técnico Arturo Reyes durante un empate decepcionante, con mensajes como “Puntuales para cobrar, muertos para jugar”
El defensor Jermein Peña causó controversia con frases como:
“Todos los equipos cuando llegan a Barranquilla se cierran”
y descalificó al rival Brayan León de “paquete”, lo cual generó amplia repercusión mediática
El técnico César Farías también fue criticado por declaraciones agresivas hacia periodistas e hinchas, incluso atribuyendo sus errores a una supuesta aversión personal
En 2009, el exjugador Javier Flórez fue condenado por asesinar a un hincha tras un partido; se declaró en estado de embriaguez o defensa propia. Fue liberado después de pagar indemnización