indows は書きたいことが半分くらい趣味なので読みたいところを読むことをお勧めします。

PCはマザーボードと呼ばれるcpuなどがあるものに中にあるファイルによってWindowsが動いています。つまり最大の権限はマザーボードにあり例えば、そこにウイルスなどが入ると気づかないわけですし、対処のしようがありません。また、このボードではwindowsが基本的に最初に読み込まれるようになっています。しかし、いろいろしたい（なにをするかは言いませんが）時に起動の順番を変えることができます。これがbootになります。各pcで設定の方法が違うので各自調べることをお勧めします。