ตามที่คณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2543 ได้มีมติเห็นชอบแผนปฏิบัติการสร้างราชการใสสะอาด ตามที่สำนักงาน ก.พ. เสนอ และกำหนดให้เป็นนโยบายสำคัญของทางราชการและประกาศเป็นแผนระดับชาติ โดยกำหนดให้การทุจริตคอร์รัปชั่นเป็นภัยต่อความมั่นคงของประเทศ และให้กระทรวง ทบวง กรม และหน่วยงานของรัฐต่าง ๆ จัดทำแผนกลยุทธ์ “หน่วยงานใสสะอาด” เพื่อป้องกันการทุจริตคอร์รัปชั่น และประกาศให้สาธารณชนทราบตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2544 เป็นต้นไป โดยให้จัดตั้ง “ศูนย์ประสานราชการใสสะอาด” เป็นหน่วยงานภายในเพื่อดำเนินการตามแผนกลยุทธ์
ต่อมารัฐบาลมีกลไกการดำเนินงาน เพื่่อแก้ไขปัญหาคุณธรรมจริยธรรมในสังคมโดยมีมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2553 เห็นชอบให้ส่วนราชการมีกลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรมเป็นหน่วยงานภายใน รับผิดชอบภารกิจของกลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรมตามประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือน โดยเปลี่ยน “ศูนย์ราชการใสสะอาด” ของส่วนราชการและจังหวัดหรือหน่วยงานที่รับผิดชอบภารกิจด้านการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรมและธรรมาภิบาล เป็นกลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรมของส่วนราชการและจังหวัด และปฏิบัติงานภายใต้การกำกับดูแลของหัวหน้ากลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรม ซึ่งทำหน้าที่เป็นเลขานุการคณะกรรมการจริยธรรมส่วนราชการและจังหวัด อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 21 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545