โรงเรียนอรุณศาสน์วิทยามูลนิธิ  ตั้งอยู่หมู่ที่ 10  ถนนยนตรการกำธร  ตำบลทุ่งนุ้ย  อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล  บนเนื้อที่  25  ไร่  16  ตารางวา

            เมื่อปี  พ.ศ. 2508  ชาวไทยมุสลิมที่ตั้งบ้านเรือนอยู่ใกล้บริเวณที่ตั้งสถานีตำรวจภูธรควนกาหลง       (บ้านห้วยโต๊ะบุก) ได้ร่วมมือกับนายมะหรา  หลีเส็น  จัดตั้งขึ้น  โดยมีจุดประสงค์เพื่อใช้เป็นสถานที่สอนศาสนาอิสลามแก่เยาวชนโดยมีนายมะหรา  หลีเส็น  และนายวันรินทร์  บิลอับดุลลาห์  เป็นผู้ดำเนินการสอน  โดยเปิดสอนวิชาศาสนาอิสลามและวิชาสามัญ  ตามหลักสูตรศึกษาผู้ใหญ่  ระดับ 1-2   ซึ่งชาวบ้านทั่วไปเรียกว่า ปอเนาะ

ต่อมาในปี  พ.ศ. 2512  โรงเรียนได้จดทะเบียนเป็นโรงเรียนราษฎร์สอนศาสนาอิสลาม  และได้ย้ายจากสถานที่เดิมมาตั้งอยู่สถานที่แห่งใหม่ บนเนื้อที่ 7 ไร่  16  ตารางวา บ้านทุ่งตำเสา (ควนโต๊ะซ่ำ)  หมู่ที่ 10  ตำบลทุ่งนุ้ย  อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล  และได้เปลี่ยนแปลงการสอนวิชาศาสนาอิสลามเป็นระดับอิสลามศึกษาตอนต้น (อิบตีดาอียะฮ์) โดยมีนายวันรินทร์  บิลอัลดุลลาห์  เป็นผู้สอน  ส่วนวิชาสามัญ  เพิ่มเป็นหลักสูตรศึกษาผู้ใหญ่ ระดับ 3 โดยมีนางสาวมลฤดี  เส้นหละ  เป็นผู้สอน  และในปี พ.ศ. 2515  มีนายย่อง  ทองมี  ซึ่งเป็นข้าราชการครู ได้เข้ามาทำการสอนวิชาสามัญเพิ่มขึ้นอีก  1  คน

ปี  พ.ศ. 2518  โรงเรียนมีความจำเป็นต้องหยุดปิดกิจการชั่วคราว

ปี  พ.ศ. 2523  โรงเรียนได้เปิดกิจการดำเนินการการเรียนการสอนอีกครั้ง  โดยมี  นายมะหรา  หลีเส็น เป็นผู้รับใบอนุญาต  นายรอมหลัน  หยาหลี  เป็นผู้จัดการ  และนายสอและ  ปะดุกา  เป็นครูใหญ่  โดยทางโรงเรียนได้เปิดทำการสอนวิชาสามัญตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ  พ.ศ. 2521  ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1-ม.3) ส่วนวิชาศาสนาอิสลามใช้หลักสูตรอิสลามศึกษา  พ.ศ. 2523  ชั้นอิบตีดาอียะฮ์ปีที่ 1-4  โดยมีนักเรียนเข้าสมัครเรียนในปีแรกประมาณ  50  คน

            ปี  พ.ศ. 2524  โรงเรียนได้ประสบอัคคีภัยที่พักนักเรียนหญิงและบ้านพักครูทั้งหมด  จึงได้ใช้อาคารเรียนเป็นที่พักชั่วคราวของนักเรียนหญิงและครู  ทางโรงเรียนได้ขออนุญาตใช้อาคารเรียนของโรงเรียนบ้านทุ่งตำเสา เป็นสถานที่เรียนและสอบวิชาสามัญในปีการศึกษานั้น หลังจากนั้นชาวบ้านได้ช่วยกันสร้างที่พักใหม่จนเสร็จ ทางโรงเรียนจึงย้ายนักเรียนกลับมาเรียน โดยใช้อาคารเรียนภายในโรงเรียนตามปกติ

ปี  พ.ศ. 2525  มีนักเรียนที่เรียนจบชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ปีที่  3  จำนวน  28  คน    

ปี  พ.ศ. 2526  มีนักเรียนที่เรียนจบชั้นอิสลามศึกษาตอนต้น ปีที่  4 (อิบตีดาอียะฮ์)  จำนวน  25  คน  และมีครูที่สอนวิชาศาสนาอิสลามจำนวน  13  คน  ครูที่สอนวิชาสามัญ   จำนวน  11  คน  มีนักเรียนที่เรียนเฉพาะวิชาศาสนา  จำนวนทั้งหมด  371  คน  และเรียนทั้งวิชาศาสนาและวิชาสามัญ จำนวน  239  คน

ปี  พ.ศ. 2533  โรงเรียนได้เสียบุคลากรคนสำคัญยิ่งของโรงเรียน  คือ นายสอและ  ปะดุกา  ครูใหญ่ 

ได้ถึงแก่กรรมลงในวันที่  28  มิถุนายน พ.ศ. 2533  เวลา  12.45  น.  ณ โรงพยาบาลหาดใหญ่  หลังจากนั้นทางโรงเรียนจึงได้แต่งตั้ง นายมูหัมหมาด  ปะดุกา  เป็นครูใหญ่แทน

ปี  พ.ศ. 2536  โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนสภาพโรงเรียนตามมาตรา 15 (2)  เป็นโรงเรียนตามมาตรา 15 (1)  และได้เปลี่ยนแปลงมาใช้หลักสูตรอิสลามศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น  พ.ศ. 2535  ซึ่งเป็นหลักสูตรบูรณาการระหว่างวิชาศาสนาอิสลามกับหลักสูตรวิชาสามัญเข้าด้วยกัน

ปี  พ.ศ. 2537  โรงเรียนได้แต่งตั้ง  นางอรอุมา  เศษแอ  เป็นผู้จัดการ  แทนนายรอมหลัน  หยาหลี ที่ได้ลาออก  และแต่งตั้งนายอะซิซัล  เหมสลาหมาด  เป็นครูใหญ่  แทนนายมูหัมหมาด  ปะดุกา  ที่ได้ลาออก

ปี  พ.ศ. 2540  เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนอรุณศาสน์วิทยา  เป็นโรงเรียนอรุณศาสน์วิทยามูลนิธิ  เนื่องจากโรงเรียนได้โอนกิจการโรงเรียนให้อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของมูลนิธิ  โดยมี  นายมูหัมหมาด  ปะดุกา  เป็นผู้ลงนามแทนมูลนิธิในตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต

ปี  พ.ศ. 2545  โรงเรียนอรุณศาสน์วิทยามูลนิธิได้รับอนุญาตให้เปิดเป็นสถานศึกษาวิชาทหาร และมีการเรียนหลักสูตรนักศึกษาวิชาทหารอีกแห่งหนึ่งของจังหวัดสตูล

ปี  พ.ศ. 2548  นายอะซิซัล  เหมสลาหมาด  ได้ลาออกจากตำแหน่งครูใหญ่  และได้แต่งตั้ง

นางอรอุมา  เศษแอ  ที่ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการเป็นครูใหญ่แทน  หลังจากนั้นก็ได้แต่งตั้ง 

นายอับดุลกอหนี  จิมาร  เป็นผู้จัดการในตำแหน่งที่ว่างอยู่ในปีเดียวกัน

ปี  พ.ศ. 2549  โรงเรียนอรุณศาสน์วิทยามูลนิธิได้จัดซื้อที่ดินขยายเนื้อที่อีก  4  ไร่  รวมเป็น  11  ไร่  16  ตารางวา

ปี  พ.ศ.  2552  โรงเรียนอรุณศาสน์วิทยามูลนิธิได้จัดซื้อที่ดินขยายเนื้อที่อีก  14  ไร่  รวมเป็น  25  ไร่   16  ตารางวา

เพื่อให้การบริหารโรงเรียนเป็นไปตามปรัชญา “ วิชาดี   กีฬาเด่น   เน้นคุณธรรม นำพัฒนา” จึงได้กำหนดเป้าหมายของโรงเรียนในการปฏิบัติงานดังนี้

1.  มุ่งเน้นให้ผู้เรียน  เก่ง  ดี  มีสุข  คิดเป็นทำเป็น  แก้ปัญหาเป็นและทำงานเป็นกระบวนการโดยการจัดกิจกรรมการเรียนการสอนที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ

2.  ส่งเสริม  สนับสนุนให้ผู้เรียนมีสุขภาพอนามัยที่สมบูรณ์  โดยการจัดกิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุนที่หลากหลาย

3.  ปลูกฝังคุณธรรมจริยธรรมที่เหมาะสม  โดยการจัดกิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุนที่หลากหลาย

4.  ปลูกฝังให้ผู้เรียนอนุรักษ์วัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อม  โดยการจัดกิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุน

ที่หลากหลาย

5.  ปลูกฝังระบอบการปกครองแบบประชาธิปไตยขั้นพื้นฐานให้กับผู้เรียน  โดยการจัดกิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุนที่หลากหลาย

6. วัดและประเมินผลผู้เรียนให้เป็นไปตามหลักสูตร  และระเบียบการวัดผลประเมินผลโดยเน้นการวัดผลและประเมินผลตามสภาพจริง  แสดงถึงความก้าวหน้าในการพัฒนาตนเอง

7.  บุคลากรในโรงเรียนทุกคนมีการพัฒนางานและตนเองอยู่เสมอ

8.  บุคลากรและนักเรียนทุกคนในโรงเรียนมีการพัฒนาคุณธรรม จริยธรรมตนเองอยู่เสมอ

9.  ผู้บริหารโรงเรียนมีคุณธรรม  เป็นประชาธิปไตย  มีภาวะของผู้นำ และมีวิสัยทัศน์

           10.  ชุมชนมีส่วนร่วมในการพัฒนาโรงเรียน