Laboratorium Mikrobiologi , Merupakan salah satu laboratorium yang di kelola oleh Sub Unit Laboratorium dan Workshop Jurusan Kesehatan Lingkungan Poltekkes Kemenkes Semarang, dengan kompetensi diantaranya adalah melakukan pemeriksaan angka lempeng total kuman pada alat makan, makanan dan udara, Pemeriksaan E-coli dan Coliform pada air, Pemeriksaan salmonela pada makanan.