La autorización de la apertura del programa curricular del pregrado de Matemáticas en la Facultad de Ciencias y Administración de la Sede Manizales de la Universidad Nacional de Colombia fue dada por el Consejo Académico según acuerdo N.o 010 de 1999 (acta número 5 del 30 junio).
La apertura de este programa se dio mediante una propuesta sustentada ante el Consejo Académico sobre las necesidades de tener el programa de matemáticas en la Universidad Nacional de Colombia Sede Manizales, dado que en la región no existía un programa de estos que ofreciera a los estudiantes otra opción de estudios diferentes a las tradicionales como ingenierías, medicina, administración de empresas, etc. La apertura de la Carrera de Matemáticas en la Sede Manizales se dio entonces utilizando la estructura ya existente del programa análogo que tenía la Sede Medellín; por tal razón, en la Sede Manizales el programa no se creó con una identidad propia. Sin embargo, en las discusiones internas previas a la apertura del programa, parecían existir dos tendencias que podrían dar una identidad al programa: la primera era la relacionada con Matemática Aplicada, la cual se apoyaba en la vocación y fortaleza de la Sede con programas de Ingeniería; la segunda era la relacionada con Enseñanza de la Matemática, la cual se apoyaba en la necesidad sentida en la región de un aporte de la Universidad al mejoramiento de la calidad de la enseñanza de la Matemática en todos los niveles.
Hasta 1998 la Sede contaba con la Sección de Matemáticas y Estadística del Departamento de Ciencias adscrita a la Facultad de Ciencias y Administración. En ese momento la Sección contaba con diecinueve (19) profesores de tiempo completo y cinco (5) catedráticos. El programa inició en el primer semestre del 2000 con cinco (5) estudiantes aceptados directamente y veinticinco (25) por segunda opción. Se ha mantenido un promedio de alrededor de 30 estudiantes por cohorte, lo cual es un indicador aceptable, dada las características y tamaño de la ciudad de Manizales. Cabe mencionar en este punto, que la mayoría de los estudiantes de la carrera de matemáticas han sido del departamento de Caldas. Con la apertura del programa de matemáticas en la Sede Manizales, se ofrecieron tres líneas de profundización: en álgebra, en análisis y en estadística. En esa dirección inicialmente se dirigieron trabajos de grado en análisis. Posteriormente, estudiantes y profesores mostraron interés en áreas como álgebra, matemática aplicada y topología. La continua comunicación y trabajo en equipo con profesores de ingeniería, poco a poco fue abriendo nuevos horizontes de investigación en matemática, particularmente en matemática aplicada. La apertura de la Maestría en Ciencias-Matemática Aplicada en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, y el Doctorado en Ingeniería-Línea Automática de la Facultad de Ingeniería y Arquitectura, marcaron una línea de trabajo de estudiantes y profesores en análisis numérico, computación científica, tratamiento de imágenes y sistemas dinámicos.
Actualmente el pregrado de Matemáticas adscrito al departamento de Matemáticas y Estadística tiene una estrecha relación con los 5 programas de posgrado asociados al departamento: Especialización en Estadística, Especialización en Actuaría y Finanzas, Maestría en la Enseñanza de las Ciencias Exactas y Naturales, Maestría en Ciencias - Matemática Aplicada y el Doctorado en Ciencias - Matemáticas.