ミネラ皇国で起きた執政顧問ツヴァイトの謀略によって起こった魔軍による災害…通称【ツヴァイトの変】と呼ばれた悪夢から数ヶ月。

首都バルディアの復興もほぼ完了し、国はようやく落ち着きを見せ始めていた。

だが運命は再び新たな試練を課そうとしていた。

　魔将軍オストラコンを討ち逃したアトルシャン。

　己の命と引き換えに愛するシャオラを失ったフローラ。

　そして秘石を全て集め、ドラグリアへと戻ったバラージ。

それぞれの運命は力を注がれた歯車の様に、複雑に噛み合いながら再び動き出した。