Laboratorium penguji Balitsa telah diakreditasi sejak tahun 2013 berbasis SNI/ISO 17025:2008 dengan nomor LP-798-IDN. Pada bulan Juli tahun 2019 Laboratorium Penguji Terpadu Balitsa telah melakukan re-akreditasi penyesuaian ke SNI ISO/IEC 17025:2017 dengan ruang lingkup pengujian meliputi fisika (6 parameter), kimia (35 parameter) dan biologi (16 parameter) dari benih, hasil tanaman, produk olahan, tanah, pupuk, dan tanaman yang dilaksanakan di laboratorium Bakteriologi, Benih, Biologi Molekular, Entomologi, Fisiologi Hasil, Fisiologi Tanaman, Mikologi, Nematoda, Tanah, dan Virologi.