Музей Дубенського ліцею №3 розпочав свою роботу як кімната-музей з 16 березня 2004 року (наказ по школі №41 від 16.03.2004 року “Про заснування кімнати -музею”). У 2006 році кімнату-музей було реорганізовано у шкільний музей (наказ по школі №254 від 29.12.2006року “Про реорганізацію кімнати-музею в шкільній історико-краєзнавчий музей”. У 2007 року зареєстрована як шкільний музей в управлінні освіти і науки Рівненської облдержадміністрації (наказ №523 від 04.12.2007 року).
Планування і робота шкільного музею здійснюється відповідно до Положення про музей та наказу №11 від 19.01.2007 року “Про роль шкільного музею у громадянському вихованні учнів”.
У 2011 році за вагомий внесок у справу виховання учнівської молоді, примноження надбань національної культури, збереження історичної спадщини українського народу та музейного фонду України, пропаганди пам'яток історії, було присвоєно звання “Зразковий музей”(наказ Міністерства освіти і науки, молоді та спорту України №317 від 08.04.2011року).
Музей є складовою системи навчально-виховної роботи школи, надає допомогу педагогічному колективу у впровадженні активних форм роботи з молоддю ( наказ по школі №154 від 18.10.2008 року “Про впровадження міської та обласної Програми національного виховання учнівської молоді на 2008-2020рр. у школі”, рішення педагогічної ради школи, протокол №09 від 18.02.2009 року “Про діяльність педагогічного колективу школи з реалізації обласної та міської Програми учнівської молоді”).
За час існування шкільний історичний музей, продовжуючи залишатися місцем збереження історичних пам’яток, перетворився на ефективну базу для спілкування, став виховним центром школи, місцем підвищення культурно-освітнього рівня відвідувачів, місцем формування почуття духовного відродження та патріотизму. В музеї проводяться екскурсії, як для учнівської молоді школи, так і інших навчальних закладів міста, міжнародних делегацій, гостей. Систематично проходять науково-практичні семінари, зустрічі з відомими людьми, учасниками бойових дій тощо. 18 квітня 2013 року на базі шкільного музею відбулося засідання обласної школи педагогічної майстерності із теми «Використання інформаційно-комунікативних технологій в діяльності шкільних музеїв», в якому взяли участь керівники музеїв при загальноосвітніх закладах області. При шкільному музеї з 01.09.2014року діє опорна школа «Патріотичне виховання учнівської молоді засобами музейної педагогіки». В квітні 2014 року проведено семінар заступників директорів шкіл міста Дубна з виховної роботи та педагогів організаторів з теми « Формування ціннісного ставлення до історичних , культурних та духовних надбань рідного краю через призму діяльності шкільного музею».
Відповідно до тематико-експозиційного плану шкільного музею діють експозиції «Сильніше смерті», «Сліди не змиті вічності дощами», «Життя як приклад», «Революція гідності». Група учнів-екскурсоводів, рада музею постійно працюють над оновленням виставок, експозицій, є ініціаторами пошукових акцій та конкурсів. В 2012-2014 році площа шкільного музею збільшилася на 54 кв. м. Створено нові експозиції : «Минуле не зникає – воно продовжується у сучасному», « Пам’яті небесної сотні»
Експозиція шкільного музею технічно оснащена. У шкільному музеї є комп’ютерне забезпечення, яке використовуються для перегляду відеофільмів, показу мультимедійних презентацій, проектів, авторами яких є учні. Відеотека музею становить понад 100 документальних фільмів, перегляд яких здійснюється при проведенні екскурсій, виховних годин, позакласних заходів. В шкільному музеї використовуються найпоширеніші інтернет-технології: електронна пошта, форум, чат, скайп. Це дозволяє наживо проводити дискусії. Створено і підтримується сайт наданий Дубенською міською радою, завдяки якому можна одержувати доступ до інформації, зберігати , передавати, змінювати отримане та поширювати для інших.
У шкільному музеї зберігаються оригінальні експонати, зібрані пошуковими загонами : особисті речі, листи, ордени і медалі, фотографії, подаровані родинами.
Систематично ведеться облік музейних предметів. Необхідна документація оформлена на належному рівні. Усі експонати зберігаються при дотриманні санітарно-гігієнічних вимог.
Активній роботі музею сприяє співпраця з міською та обласною радами ветеранів, які є постійними відвідувачами музею, уроків мужності, зустрічей, творчих вечорів, урочистих зібрань, конференцій на військово-патріотичну тематику. Результатом такої роботи є відзначення пам’ятних дат . Так 17.03.2014 року відбулася передача естафети пам’яті, на якій були присутні представники Рівненської обласної ветеранської організації, голова Млинівської селищної ради, міський голова м. Дубна. Проведено відкрите засідання старшокласників шкіл міста «Лідер».
Волонтерська робота, яка проводиться учнями школи, є невід’ємною часткою виховної та пошукової роботи музею . У кожному класі працюють учні-волонтери, активісти пошукового руху, які надають посильну допомогу ветеранам, проводять урочисті зібрання, концерти до визначних дат, проводять акції милосердя, здійснюють вшанування ветеранів вітальними листівками, надають посильну шефську допомогу людям похилого віку, збирають допомогу для воїнів АТО. Учні школи надають посильну допомогу сім’ям загиблих воїнів – афганців, Віталія Галія та Миколи Качковського.
Впродовж п’яти років учні приймають участь в заочному конкурсі « Шкільна музейна практика. Мирний космос», за щорічні перемоги були нагороджені грамотами, дипломами та поїздкою в м. Київ на зустріч з першим космонавтом України Каденюком . В 2014 році екскурсоводи шкільного музею здобули перше місце за краще краєзнавче дослідження в обласному конкурсі «Юних екскурсоводів».
За період з 2011 року шкільний музей відвідало понад 1000 відвідувачів, про результативність роботи свідчать відгуки відвідувачів, статті у освітянській пресі та періодичних виданнях, роботі музею присвячено ряд виступів на міських та обласних семінарах , отримано 17 нагород, серед яких подяки, грамоти, дипломи , Почесні грамоти . Поширення досвіду відбувається через видавничу діяльність . Видано посібники з досвіду роботи: біографічний довідник «Почесні громадяни міста Дубна», вивчається курс «Історії міста Дубна» за підручником, співавтором якого є керівник музею.
Загалом діяльність музею схвалена на засіданнях педагогічної ради закладу, засіданнях, методичних об’єднаннях міста та області .
Шкільний музей внесено до туристичного маршруту «Екскурсії по Україні» туристичним агентством Губницьких.