Gagasan untuk melakukan peleburan muncul pertama kali dari ketua Gerakan Mahasiswa Demokrat Indonesia, S.M. Hadiprabowo pada September 1953. Didasari keinginan untuk menyatukan organisasi-organisasi mahasiswa nasionalis, S. M Hadiprabowo kemudian mengatur pertemuan dengan pimpinan dua organisasi lainnya. Hadiprabowo kemudian bertemu dengan Slamet Djajawidjaja, Slamet Rahardjo, dan Haruman dari Gerakan Mahasiswa Merdeka. Ia kemudian bertemu Wahyu Widodo, Subagio Masrukin, dan Sri Sumantri dari Gerakan Mahasiswa Marhaenis.
Pimpinan ketiga organisasi akhirnya setuju untuk mengadakan pertemuan. Pertemuan diadakan di rumah dinas Walikota Jakarta (setara dengan Gubernur Jakarta saat ini), Soediro. Dalam pertemuan tersebut, ketiga organisasi berhasil mencapai kesepakatan untuk berfusi, baik secara organisasi maupun secara ideologi. Dalam pertemuan tersebut, nama Gerakan Mahasiswa Nasional Indonesia (GMNI) dipilih sebagai nama organisasi hasil fusi, disepakati pula nasionalisme dan marhaenisme menjadi ideologi GMNI. Selain dua hal tersebut, pertemuan juga memutuskan Kongres I GMNI akan diadakan di Surabaya. Pada 23 Maret 1954, Kongres I GMNI diadakan dengan restu langsung dari Presiden Soekarno. Kongres I menetapkan S.M Hadiprabowo sebagai ketua pertama GMNI.Tanggal tersebut juga dipatenkan sebagai hari lahir GMNI dan diperingati sebagai dies natalis atau hari kelahiran GMNI. Karena adanya kesamaan ideologi dan pengaruh dari Soekarno dan tokoh politik nasionalis, GMNI kemudian perlahan-lahan menjadi underbow dan berafiliasi menjadi sayap mahasiswa dari Partai Nasional Indonesia (PNI), partai yang dibentuk dan dipimpin oleh Soekarno.[3] Namun, hubungan antara PNI dengan GMNI secara resmi putus setelah rezim Orde Baru melaksanakan kebijakan fusi partai pada 1973, di mana PNI digabung dengan partai nasionalis lain ke dalam Partai Demokrasi Indonesia (PDI).
Gerakan Mahasiswa Nasional Indonesia berasaskan MARHAENISME yaitu Sosio Nasionalisme, Sosio Demokrasi, dan Ketuhanan Yang Maha Esa.
GMNI merupakan organisasi kader dan organisasi perjuangan yang bertujuan mendidik kader bangsa dalam mewujudkan Sosialisme Indonesia berdasarkan Pancasila 1 Juni 1945 UUD 1945.
Motto perjuangan GMNI adalah PEJUANG-PEMIKIR PEMIKIR-PEJUANG Yang memiliki arti Pejuang Rakyat yang selalu memikirkan perjuangan dan kelanjutan perjuangannya dan pemikir (intelektual) yang selalu mengabdikan ilmunya untuk perjuangan rakyat sepenuhnya.