Джон Атанасов посещава втората си родина — България, два пъти. Първото му посещение е през 1970 г. по инициатива на акад. Благовест Сендов. Тук е награден с орден „Кирил и Методий“ — първа степен. Тогава Джон Атанасов изнася няколко лекции в Българската академия на науките, посветени на изобретяването на компютъра.

Второто му посещение в България е през май — юни 1985 г. Джон Атанасов вече е признат за изобретател на компютъра, тъй като историческият съдебен спор е завършил в негова полза. Тогава е награден с орден „Народна Република България“ — първа степен. Посещава и родното място на своя баща — с. Бояджик, Ямболско, където е посрещнат от земляците на баща си изключително радушно, с много ентусиазъм и признателност. Връчен му е ключът на „Почетен гражданин на гр. Ямбол“.

Наред с двата си български ордена Атанасов вече е получил и най-голямото научно признание на България — през 1983 г. е избран за чуждестранен член на Българската академия на науките, а от 1988 г. името на Атанасов кръжи и в Космоса — така е назован първият астероид, открит и изследван от българи в Националната астрономическа обсерватория „Рожен“.

След дълго боледуване Атанасов умира на 15 юни 1995 г. в дома си в щата Мериленд. Погребан е в гр. Фредерик.