Secara keseluruhan KP3K-TP Teluk Tomini Sulawesi Tengah terbagi kedalam Zona Inti seluas 3.515,06 Ha, Zona Pemanfaatan Terbatas 8.762,73 Ha (meliputi Sub Zona Penangkapan Ikan 113.105,65 Ha, Sub Zona Perikanan Budidaya 2.639,78 Ha, Sub Zona Wisata Bahari 314,96 Ha), dan Zona Lainnya (Sub Zona Rehabilitasi 8.798,12 Ha).
Gambar 3. Luas zona KP3K-TP Teluk Tomini Sulawesi Tengah
Zonasi Kawasan Konservasi Perairan dan Peruntukannya Dalam Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.30/MEN/2010 tentang Rencana Pengelolaan dan Zonasi Kawasan Konservasi Perairan, disebutkan Zonasi Kawasan Konservasi Perairan dan Peruntukannya :
1. Zona Inti (Pasal 14) Zona Inti dalam kawasan konservasi perairan diperuntukkan bagi:
a. perlindungan mutlak habitat dan populasi ikan
b. penelitian
c. pendidikan.
2. Zona Perikanan Berkelanjutan (Pasal 18) Zona Perikanan Berkelanjutan dalam kawasan konservasi perairan diperuntukkan bagi:
a. perlindungan habitat dan populasi ikan
b. penangkapan ikan dengan alat dan cara yang ramah lingkungan 5
c. budidaya ramah lingkungan
d. pariwisata dan rekreasi
e. penelitian dan pengembangan
f. pendidikan.
3. Zona Pemanfaatan (Pasal 25) Zona Pemanfaatan dalam kawasan konservasi perairan diperuntukkan bagi:
a. perlindungan dan pelestarian habitat dan populasi ikan
b. pariwisata dan rekreasi
c. penelitian dan pengembangan
d. pendidikan.
4. Zona Lainnya (Pasal 13) Zona lainnya dalam kawasan konservasi perairan merupakan zona di luar Zona Inti, Zona Perikanan Berkelanjutan, dan Zona Pemanfaatan yang karena fungsi dan kondisinya ditetapkan sebagai zona tertentu. Zona tertentu tersebut dapat berupa antara lain zona perlindungan dan zona rehabilitasi.
Kawasan KP3K-TP Teluk Tomini terdiri dari 7 (Tujuh) area kawasan yakni :
Area I
Area II
Area III
Area IV
Area V
Area VI
Area VII