La Facultad de Medicina de la Universidad Mayor de San Andrés, se crea bajo Decreto Reglamentario del 24 de enero de 1834 por el Presidente Mariscal Andrés de Santa Cruz y Calahumana. Fundándose oficialmente el 10 de agosto de 1834 bajo la dirección del Dr. José Passaman, con cuatro cátedras: Medicina, Cirugía, Farmacia y Química/Física.
En su origen, los cinco años de estudio se componía de la siguiente manera. Primer año, esquelotología, miología, esplacnología, elementos de física y química, y las instituciones elementales de Medicina. Segundo año, angiología, neurología, dermatología, fisiología, anatomía general, y química. Tercer año, patología externa o quirúrgica, anatomía práctica de los sistemas orgánicos y la química práctica. Cuarto año, clínica externa o clínica práctica, clínica interna o medicina práctica, las operaciones y vendajes, la botánica y materia médica, física médica, e higiene. Quinto año, partos y enfermedades de mujeres, cirugía militar, farmacia práctica, posología y arte de formular, terapéutica, medicina legal y la clínica.
En el transcurso de los años, y con la vigencia de la Autonomía Universitaria y el gobierno académico docente-estudiantil muchas materias tuvieron cambios, para así, crear los diferentes departamentos que componen la Facultad de Medicina. Uno de cuales es el Departamento Facultativos de Ciencias Funcionales.
Actualmente, el Departamento Facultativo de Ciencias Funcionales lo compone tres cátedras: Fisiología-Biofísica, Bioquímica y Biología Molecular, y Farmacología, que son parte de los cinco años de formación universitaria. Además, los programas de Terapia Ocupacional y Fonoaudiología, ambos con el grado de licenciatura.
Para la gestión del 2021-2024, a la cabeza del Dr. Lucio Álvarez Paredez, jefe del Departamento Facultativo de Ciencias Funcionales, se ha logrado importantes logros. Convenios con instituciones en el territorio nacional, como internacional, siendo uno de ellos con la Republica de Chile, con la Universidad Andrés Bello. Cabe recalcar que a nivel académico, se ha estado innovando como impulsando en las cátedras de Fisiología, Farmacología y Bioquímica.
En el caso de los programas de Terapia Ocupacional y Fonoaudiología, se actualizó, con pares internacionales, las mallas académicas con visión del mercado actual de Bolivia y sus necesidades, de acuerdo a la demanda social. A nivel de infraestructura, se distribuyó predios con los que cuenta el departamento facultativo para el beneficio docente - estudiantil.
Se gestionó la aprobación para adquirir un predio facultativo que fue destinado al gabinete de Terapia Ocupacional y Fonoaudiología, el cual brinda servicios profesionales al pueblo boliviano con tarifas reducidas y accesibles a toda economía. También se cuenta con dos gabinetes pertenecientes a la cátedra de Fisiología y Biofísica, que también presta servicios con exámenes funcionales realizados por especialistas (electrocardiograma, monitor holter, espirometría y otros) que de la misma forma son servicios a bajo costo. Se implementó tecnología a la vanguardia de la enseñanza del aprendizaje, adquiriendo monitores táctiles e interactivos marca numero uno en el mundo para enseñanza en cada laboratorio.