Країна в лічені дні перебудовувалась на воєнні рейки. Важкою була евакуація населення, промисловості і продовольчих баз Харкова. День і ніч через Основ’янський залізничний вузол рухалися сотні маршрутів з обладнанням і склади з евакуйованими людьми.
Тільки з 2 вересня по 20 жовтня 1941 року в східні райони країни з Харкова було відправлено 320 ешелонів з промисловим обладнанням, 225 - з людьми, 56 - з госпіталями. З Харківської області було евакуйовано 70 великих промислових підприємств союзного та республіканського масштабу, 24 науково-дослідних установи і 25 вищих навчальних закладів.
В лічені дні на воєнний лад перебудував свою роботу колектив депо ім. С.М. Кірова (з 1963 року іменується як “Локомотивне депо "Основа”). В ці дні його очолював начальник депо Анатолій Самуїлович Кусенко та секретар партійної організації Михайло Якович Бабайцев. Паровозники систематично перевиконували завдання з випуску паровозів з ремонту. Не було жодного випадку затримки видачі паровозів для потягів.
За сумлінну працю, згідно з постановою політвідділу Південної залізниці від 13 серпня 1941 року "Про вручення Червоного Прапору кращій комсомольській групі", Червоний Прапор був вручений комсомольській групі промивного цеху депо ім. С.М. Кірова (комсомольський групорг Красіков). До складу групи входили: І.М. Підставкін, Скляренко, Адаменко, І.Т. Кабізький.
У зв'язку з загрозою захоплення фашистами Харкова, з 12 жовтня 1941 року почалась евакуація найціннішого обладнання, майна та частини працівників депо в м. Актюбинськ Казахської РСР. Це потрібно було зробити так, щоб підприємство залишалося життєздатним, діючим до останнього. Зчепами почали вирушати на схід паровози, обладнання. Завдання було таке: жодний потяг, жодний станок, жодні матеріали і запасні частини не залишалися ворогу. І з цим завданням кіровці впоралися.
Залізничники виконали колосальну, величезну роботу. На тисячі кілометрів з заходу на схід вони перевезли тонни обладнання, матеріалів, зерна і мільйони людей, що бігли від фашистських варварів.
Залишивши рідний Харків, більшість кіровців доставили в глибокий тил доручені їм склади і потяги. Деякі були залишені для роботи в тилових депо або закликані до армії. Більшість машиністів і робітників ремонтних цехів було зараховано до сформованого на Південній залізниці воєнно-експлуатаційного відділення. Пішов з депо на фронт спеціальний поїзд з ремонту рухомого складу. Було обладнано декілька бронепоїздів, які брали участь у боях. Більшість робітників депо вступили до винищувальних батальйонів. Загони народного ополчення поповнили 117 комсомольців-кіровців. З патріотичним підйомом проводився збір засобів для фонду оборони. Сім'ї робітників збирали і відправляли їх на фронт, часто віддаючи останнє, що в них було. Жінки депо організовували керування над госпіталями. Кожний вихідний день ранених відвідували активістки жіночої ради депо.
Прямо з депо вирушали на фронт потяги під сформованими складами.
24 жовтня 1941 року гітлерівці окупували Харків.
Залізничники, які залишилися на завойованій території, організували активний супротив ворогу. Вони зупинили ремонт воєнної техніки, взривали шляхи і мости, поїзди з боєприпасами і ворожими солдатами, організовували саботаж і диверсії на залізничних шляхах.
Для керівництва боротьбою проти фашистських завойовників в тилу був сформований підпільний обласний комітет, в який ввійшли і залізничники Основи. Володимир Коновалов був керівником основ’янської підпільної комсомольської групи. Працюючи слюсарем в депо, він обладнав окремо стоячий вагон передатчиком, знятим зі збитого над селом Безлюдівка радянським літаком. Під носом у фашистів разом зі своїми друзями, Іваном Пасинком і Василем Пашковським, виходили на зв’язок з радянським командуванням і передавали відомості про кількість ворожих військ і техніки.
Але 19 липня 1943 року Володимира Коновалова схопили гестапівці та в групі з іншими підпільниками після катувань стратили. Разом з ними були страчені: робітник станції Основа і найкращий друг Іван Пасинок, секретар райкому Олександр Іванович Мотилевський, Д.В. Савін, Ф.П. Ляшенко.
Під час Великої Вітчизняної війни були створені колони особливого резерву, які здійснювали масові перевезення для фронту. В липні 1942 року на станції Намисто Московсько-Донбаської дороги була сформована колона №10, укомплектована залізничниками Південної магістралі. Начальником колони був призначений колишній заступник начальника дороги Костянтин Іванович Даниленко, комісаром-начальником політичного відділу Харківського відділення - Володимир Іванович Нємнов.
Колона володіла 30 потягами, відремонтованими зусиллями створеного колективу. Вся колона була відправлена в район Сталінградського фронту, де машиністи, їх помічники, кочегари, кондуктори героїчно працювали, як і воювали воїни.
Проявляючи мужність та героїзм, наші машиністи працювали під вогнем і бомбардуванням ворожої артилерії та авіації: П.Є. Ільїн, Н.С. Мусатов, В.Ф. Фарапонов, П.С. Мазепа, Я.М. Цепурит, С.І. Грищенко, А.Я. Чалий, П.Г. Мальцев, М.Н. Зігмунтов, П.І. Бойко, С.І. Думанський, А.А. Полуянов.
Помічники машиністів: І.Е. Іванько, А.К. Русанов, Г.К. Паршуков, С.Д. Павлов, Д.Д. Говорун, М.Д. Гретчин, П.Е. Вивденко, П.А. Пахоньян, В.Е. Лутай.
Поїздні кочегари: Е.І. Тахтаулов, В.А. Чалий, Ф.В. Рудов. Ці героїчні люди після переможного закінчення війни повернулися в рідне депо.
Мужньо несли свою нелегку службу у спецформуванні НКПС й інші кіровці: В.А. Безусий, В.Н. Блінов, А.А. Матвєєв, А.М. Алєксанов, Т.І. Гордєєв, П.Н. Горбачєв, А.А. Полуянов, Ф.І. Бондарцов, А.Н. Кудєшов, і його син Віталій, Ф.А. Кулєшов, Д.С. Манірко, юний кочегар В.І. Місько і багато інших.
Залізничники-бійці колон не раз зіштовхувалися обличчям з ворогом. Тільки на Сталінградському фронті колона № 10 втратила більше 20 чоловік вбитими та більше 50 поранених. На станції Паласівка загинув помічник машиніста В.Є. Лутай.
Після розгрому ворога під Сталінградом працівників колони чекали нові бойові справи. У червні 1943 року, перед атакою фашистів на Орлово-Курській дузі колону № 10 направили у розпорядження командування Центрального фронту. Усі потяги прибули туди точно у строк і в повній справності. Залізничники забезпечували підвезення нашим військам всього необхідного для розгрому ворога на Курській дузі. Бійці колони самі брали участь у формуванні потягів. Коли не вистачало людей для розвантаження вагонів, особистий склад колони розвантажував доставлені фронту боєприпаси, бойову техніку та зброю. Про напругу роботи колони можна судити по таким цифрам: тільки за червень 1943 року потяги колон доставили фронту 1 200 тяжко навантажених складів.
Протягом року особистим складом колони було врятовано від вогню 29 військових ешелонів, які йшли до фронту, і 6 артилерійських складів. Більше 45 складів з воєнними вантажами вдалося зберегти під час атаки. З-під ворожого вогню було буквально вихоплено 4 447 вагонів з боєприпасами, технікою й людьми, у тому числі понад 1 000 вагонів з пораненими бійцями й керівниками, запобігаючи 36 катастроф і аварій.
Особистий склад колони № 10 своєю самовідданою працею вніс гідний вклад у справу розгрому ворога на Курській дузі.
Основ’янський залізничнк Лазарь Саулович Мактаз, командир танкового батальйону, помер на станції Прохорівка у ніч на 11 червня 1943 року (Курська дуга, Прохорівський плацдарм).
Сюди до Прохорівського плацдарму, мчали свої потяги славні машиністи 10-ої колони. Образно кажучи, на цьому вогняному вузлі стрілки були переведені на маршрут, за яким потяги нестримно пішли до світлого дня Перемоги.
Після Орла, Курська, Бєлгорода були Харків, Київ, Тернопіль, Львів, звільнення Польщі. Колона дійшла до Бреслау. Загальна протяжність фронтових магістралей склала 2 720 кілометрів.
Зберігся документ, оцінюючий значення того вкладу, котрий вніс колектив колони № 10 в історичній перемозі наших військ на Курській дузі. Бійці і командири частини, де керував полковник Прошунін, писали керівництву колони: «Дякуємо Вам, залізничники! Ви були безпосередніми учасниками битви на Курській дузі, своєю самовідданою працею забезпечили перемогу!»
За участь у битві на Курській дузі колона була нагороджена прапорами Державного Комітету Оборони та Народного Комісаріату шляхів сполучення.
5 серпня 1943 року на честь звільнення міст Орел та Бєлгород пролунав перший салют Батьківщини нашим героїчним воїнам. Це був салют і воїнам-залізничникам, які забезпечили підвезення фронту всього необхідного для перемоги.
У грізний 1941 рік на Південній залізниці було сформовано воєнно-експлуатаційне відділення № 21 (ВЕВ-21). Його колектив нараховував понад тисячі чоловік. Керував ним один з прославлених командирів Південної залізниці Михайло Леонтійович Бондаренко, якому в листопаді 1943 року було присвоєно звання Героя Соціалістичної Праці. У перші місяці війни особистий склад відділення брав участь у ліквідації наслідків нальотів ворожої авіації на Харківський залізничний вузол. Надалі ВЕВ-21 була передислокована на захист Москви. У найкоротші строки при участі особистого складу цього відділення була прокладена залізнична гілка Ахтуба – Сталінград. У цьому прославленому колективі працювали робітники депо ім. С.М. Кірова: П.К. Соколов, Н.С. Дробот, С.В. Гайденко. Тут разом з батьком працював чотирнадцятирічний Володимир Оробинський та десятки інших. Залізничники, проявляючи мужність та героїзм, своєчасно виконували завдання командування.
Машиніст депо І.А. Відренко вивів з-під обстрілу ворога ешелон з боєприпасами зі станції Куряж та доставив його на станцію Основа.
Нарівні з чоловіками працювали наші безстрашні жінки. У сурові дні війни машиністами потягів стали: Лідія Павлівна Назаренко, Віра Дмитрівна Крівохіна, Анна Гаврилівна Воєводіна. Вони успішно справлялися з обов'язками командирів паровозних бригад, проявляючи мужність.
Кожний рейс вимагав від машиніста величезної мужності, напруги всіх сил. Працювати доводилося під вогнем. Вже з першого дня війни машиністи П.В. Кузьмін і В.А. Безусий розпочали змагання за найшвидше просування поїздів. Ні ворожі бомби, ні кулеметний вогонь повітряних піратів не змогли встати на шлях мужнім залізничникам. Завдяки відвазі і винахідливості паровозних бригад на кінцеві станції поїзда доставлялися неушкодженими.
Під час Великої Вітчизняної війни водили поїзди машиніст нашого депо І.І. Лисенко і його помічник А.І. Трічстан. Перед окупацією Харкова вони в числі останніх покинули підприємство. На парових "Ех" - 2209 вивели за лінію фронту поїзд, в якому розміщувався штаб одного з бронепоїздів. У цьому підрозділі вони продовжували працювати до визволення Харківщини, зберігши закріплений за ними паровоз в технічно справному стані. Після повернення в депо на цій машині вони працювали ще понад двадцять років без капітального ремонту!
Машиніст А.Я. Ліхолєт довів свій паровоз до станції Пенза. Віддавши його в місцеве депо, він виїхав в щойно звільнений від ворога місто Калінін, звідти через Ладозьке озеро в блокадний Ленінград.
А.Я. Ліхолєт працював в депо "Ленінград-Фінляндський", обслуговував "Дорогу життя" - єдину нитку, яка зв'язувала блокадний Ленінград з Великою землею. Дев'ятьсот днів і ночей провів Андрій Якович в обложеному місті. За трудову доблесть він нагороджений орденом Леніна, медалями "За оборону Ленінграда", "В пам'ять 250-річчя Ленінграда" та іншими державними нагородами.
Залізничники Південної магістралі мають пишатися тим, що зуміли забезпечити своєчасний підвіз озброєння, боєприпасів, пального, продовольства, внесли свій вклад в справу розгрому ворога на полях битв, вивозили поранених, жінок та дітей.
23 серпня 1943 року війська Воронезького і Степового фронтів в результаті запеклих боїв, зламавши опір противника, штурмом оволоділи Харковом.
Відступаючи, фашисти все руйнували і палили. Над Харковом стояло величезне зарево. Але не встиг розвіятися дим пожеж, а залізничники вже приступили до розчищення шляхів. Починалося нове життя, освітлене сонцем Перемоги. Люди працювали вдень і вночі, не відчуваючи втоми.
Вже 29 серпня 1943 року ,на шостий день після визволення Харкова, на Південну залізницю з Москви прибув перший поїзд. Жалюгідне видовище представляло депо після визволення Харкова. Зруйновано цех, підірвані поворотні кола, відсутні водопостачання та електроенергія. Багато ініціативи проявили працівники депо, щоб швидко відновити господарство і виконати план перевезень. Через кілька днів після відкриття руху на Основ'янському вузлі в депо був проведений промивний ремонт першого паровозу. Промивання котла проводилось під відкритим небом від іншого паровоза, який був обладнаний новими за тих часів приладами для живлення котла водою - турбонасосами. Цей паровоз до відновлення стаціонарної установки для промивання був промитий агрегатом. В інструментальному цеху душею відновлювальних робіт став ветеран депо Дмитро Григорович Головаш. Під його командуванням працівники цеху буквально з-під руїн витягували деталі верстатів, гайки, болти, шплінти та комплектували з них вузли верстатів. Незабаром були повернуті до життя чотири верстати. З кожним днем стелажі комори поповнювалися інструментами. Колектив інструментального цеху вже на початку жовтня зміг налагодити випуск обладнання депо. До відродження верстатів відразу ж стали токарі Томах, Каверін та ін. Кожен день ентузіасти давали по дві - три норми виробітку. Хороший темп відразу взяв автоматний цех, керівником якого був назначений Михайло Федорович Бондар.
Тим часом темпи відновлювальних робіт, завдяки небувалому ентузіазму людей, весь час зростали. "Роботи, доблесної роботи від тилу вимагає країна!" - закликали гасла. Працівники депо з ходу опановували будівельні професії. Під керівництвом Андрія Васильовича Шашаєва токарі, слюсарі, паровозники відмінно вели кам'яну кладку і встановлювали перекриття. Паровозні бригади тим часом готували до рейсів паровози, які прибували з тилових доріг. Пішли поїзда на Куп'янськ, а потім кинулися через Полтаву, до фронту, де радянські війська вели інтенсивну підготовку до форсування Дніпра, визволення Києва, виходу на правобережну Україну.
Фашистська авіація шаленіла. Командування ворожої армії вважало завданням номер один - знищення військових ешелонів. Сам рейхмаршал гітлерівської авіації Герінг заявляв, що готовий власними руками задушити того пілота, який повернеться на аеродром, не знищивши залізничний ешелон або паровоз. Відступаючи, фашисти продовжували завдавати бомбових ударів по Основі і лінійним станціям. В кінці жовтня 1943 року на станції Кочубеївка загинула бригада паровоза Е-у 712-93 в складі машиніста Василя Дмитровича Лаврова, помічника машиніста Олександра Ляшок і юного кочегара Олексія Романова. У залізничному парку культури і відпочинку, біля братської могили, під час похорону загиблих виступали паровозники і заявили, що як би не полювали за поїздами фашистські стерв'ятники, нерви наших залізничників витримають, і їм не страшні ніякі труднощі для виконання завдань і забезпечення фронту всім необхідним для перемоги .
Депо набирало сили! До нового 1944 року з підйомного ремонту був випущений перший паровоз, а до кінця цього ж року в депо здійснювався ремонт паровозів, що надходили з фронту. В першу річницю визволення Харкова колектив депо рапортував про виконання доведених підприємству планів. Комплексна бригада ремонтників Г.В. Металіченко вступила в змагання з колективом колони машиніста - конструктора С.А. Маховського. Ремонтники заявили, що кожен відремонтований паровоз матиме гарантійну путівку і буде працювати від промивання до промивання. А паровозників запевнили своїх суперників в змаганні: "Будемо їздити без міжпоїздного ремонту і водити поїзди з високими швидкостями!" Міцно тримали своє слово ремонтники і паровозники. Характерно, що машиністи не тільки вели склади до фронту зі швидкістю експресів, але в кожній поїздці намагалися зекономити паливо. У травні 1944 року вони здали на фронт Головного командування 80 тонн палива. Не відставали від них і ремонтники. Вже в серпні на міському мітингу, присвяченому першій річниці визволення Харкова, колектив депо доповів, що підприємство дотрималось виконання плану з ремонту паровозів.
За рішенням Всесоюзної центральної ради професійних спілок в 1944 році колектив Основ'янського відділення було вручено перехідний Червоний Прапор Державного Комітету Оборони, яке було потім залишено колективу навічно. У червні 1945 року група працівників Основ'янського відділення в кількості 21 особи була нагороджена орденами і медалями.