วิธีทำการตอนกิ่งมะละกอ อย่างแรกและถือว่าเป็นส่วนสำคัญมากนั้นก็คือคัดเลือกต้นพันธุ์ที่จะทำการตอนให้ดี ต้นพันธุ์ต้องมีความสมบูรณ์ทุกอย่าง ตั้งแต่ลักษณะของต้นและลักษณะของผลที่เป็นที่ต้องการของตลาด รวมถึงการต้านทานโรคด้วย เมื่อได้ต้นพันธุ์ที่ดีแล้วเราก็ทำการตอนต้นมะละกอต้นพันธุ์ไปปลูกก่อนหลังจากนั้นก็จะเหลือต้นมะละกอทำการตัดต้นให้สูงพอประมาณ ต่อมามะละกอที่ตัดก็จะแตกกิ่งออกมา 5 ถึง 6 กิ่ง ภายใน 2 เดือนครึ่งกิ่งจะยาวประมาณ 20 ถึง 25 เซนติเมตร ทำการเฉือนกิ่งพันธุ์ จากข้างล่างไปข้างบนเป็นปากฉลาม จากนั้นใช้ลิ่มไม้เล็ก ๆขัดไว้ไม่ให้เนื้อไม้ติดกัน นำดินร่วนและขุยมะพร้าวมาผสมกันในอัตราส่วน 3 ต่อ 1 บรรจุลงถุงพลาสติก ทำการผ่าถุงพลาสติกตรงกลาง รดน้ำให้ชุ่มแล้วนำไปวางทับรอยแผลที่เฉือนไว้ มัดถุงด้วยเชือกให้แน่น เฉือนท่อน้ำเลี้ยงห่างจากกิ่งตอนประมาณ 3 ถึง 5 นิ้ววิธีนี้จะทำให้รากงอกได้เร็วขึ้นไปอีกภายใน 30 ถึง 45 วันรากจะงอกและเดินมาเต็มถุง ถึงช่วงนี้ก็สามารนำ มะละกอตอนกิ่ง ไปปลูกได้แล้ว