Sau khi Đại hội Ngũ Kage kết thúc, các làng đồng ý liên minh để chống lại Akatsuki. Naruto và Killer Bee được đưa đến đảo Rùa để tránh bị bắt. Trong khi đó, Kabuto sử dụng Uế Thổ Chuyển Sinh, hồi sinh hàng loạt ninja huyền thoại, từ các Kage đời trước đến thành viên Akatsuki và kiếm sĩ Làng Sương Mù.
Cuộc chiến chính thức bắt đầu khi 100.000 Zetsu Trắng được thả ra từ tượng Gedo Mazo. Lực lượng Liên minh Shinobi được chia thành nhiều đơn vị, mỗi đơn vị đảm nhận một mặt trận khác nhau.