Название музея дано по острову Кижи, где расположена основная часть экспозиции музея. Объекты музея также расположены в Петрозаводске и в ряде населённых пунктов Медвежьегорского района.
Все храмы, находящиеся на территории музея-заповедника «Кижи», включены в состав Спасо-Кижского Патриаршего подворья.
Музей как государственное учреждение культуры существует с 1966 года, но первых посетителей принял в 1955 году. Изначально он состоял из двух церквей и колокольни XVIII—XIX веков Кижского погоста — памятников древнего зодчества, окружённых оградой. В настоящее время его дополняют привезённые из различных уголков Заонежья часовни, дома, иконы, предметы быта и хозяйственные постройки из карельских, русских и вепсских деревень, а также ряд исторических объектов в Заонежье и Петрозаводске.
В связи с тем, что опыт восстановления памятников местными специалистами по оценке экспертов ЮНЕСКО признан уникальным, с 2020 года на базе музея-заповедника начал работу Всероссийский центр по сохранению деревянного зодчества.
Государственный природный заказник федерального подчинения «Кижский» включает в себя охранную зону музея-заповедника «Кижи». Режим охраны заказника сходен с режимом национального парка. На всей территории заказника запрещены охота, сбор пуха и яиц, посещение островов с гнездовьями до конца размножения птиц (1 августа), лесоосушительная мелиорация, использование ядохимикатов в лесном и сельском хозяйстве, геолого-изыскательские работы и разработка полезных ископаемых. Движение яхт и другого транспорта ограничено дорогами и водными путями общего пользования. Выпас скота ограничивается землями совхоза «Прогресс». Свободное передвижение, сбор ягод, лов рыбы и др. разрешены только местным жителям и сотрудникам. Стоянки и ночёвки разрешены туристам лишь в специально отведённых местах.
