CSD-結晶構造データベース

2016年2月に ケンブリッジ構造データベース（CSD，Cambridge Structural Database）について以下の内容のブログを書いた．

• 1965年にケンブリッジ大学のグループによって始められた世界規模の結晶線解析データ収集作業は50年を迎えた．

• 2015年，８０万個を超えたとのことである．

• ケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）は，ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）が構築している有機化合物， 有機金属化合物の結晶構造データベースである．検索ソフトウエアを含めて CSDSと呼ばれている．CSDの配布等のサービスについては，会社等営利機関は化学情報協会，大学等アカデミック利用者は大阪大学蛋白質研究所が窓口になっている．

• 毎年平均４万個の化合物が登録され，平均原子数も８０を超えた．医薬品の場合，かなりの数の化合物（複合体等を含む）が解析され，構造活性相関や固体物性研究等に役たっている．

2019年2月23日， 以下のCCDCニュースメールが飛び込んできた．登録数が１００万件に近くなり，， カウントダウンに入ったとのことである．

CCDCのホームページにアクセスしてみると， ２０１９年１月までの登録状況は以下のとおりである． 現在の登録数は984003件， 100万件まで残り15,997件， 100万件到達は今年の７月頃になるだろうと予測している．

1965年にケンブリッジ大学のグループによって始められた世界規模の結晶線解析データ収集作業は半世紀を超えた． 現在は大学から独立した非営利団体であるが， 成長過程で国の資金援助を受けることによってシステムの改善， 解析ソフトウエアの開発等も可能になった． 半世紀間に収集した100万件に達する化合物の座標データは， 化学， 薬学， 農学の分野だけではなく， 製薬企業等においても不可欠の研究資源になっている． イギリスはEU離脱で揺れ動いているが， これまで研究者向けにはCSDは無料で公開されている． その方針が変わらないことを切に願っている．

参考資料

CCDC（ケンブリッジ結晶学データセンター）

ケンブリッジ構造データベース（CSD）

The Cambridge Structural Database (CSD)​ まとめ - Qiita

CSD-System ケンブリッジ結晶構造データベース - 化学情報協会

結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIF について ２ (Journal of Surface Analysis Vol.21, No. 2 (2014) p. 71-81 ).

(2019.2.24)

追記

CCDCの利用法

CCDCのAccess Structureから検索開始（例 Compound nameにcubaneを入力）

一般には，化合物名， 掲載論文名， 著者名等で検索するが， 慣用名だけで検索可能な場合もある．

以下は ｃubane の検索例

cubaneで検索すると， 2００個以上のキュバン誘導体がヒットする． 検索結果一覧から無置換（2個）の化合物の一つを選択する．

検索結果は省略．

CUBANEの場合は， Database IdentifierはCUBANE, Deposition Numberは1132082である．

CIFデータに記録されている内容 (1132082.CIF)

#######################################################################

#

# This file contains crystal structure data downloaded from the

# Cambridge Structural Database (CSD) hosted by the Cambridge

# Crystallographic Data Centre (CCDC).

#

# Full information about CCDC data access policies and citation

# guidelines are available at http://www.ccdc.cam.ac.uk/access/V1

#

# Audit and citation data items may have been added by the CCDC.

# Please retain this information to preserve the provenance of

# this file and to allow appropriate attribution of the data.

#

#######################################################################

data_CUBANE

#This CIF has been generated from an entry in the Cambridge Structural Database

_database_code_depnum_ccdc_archive 'CCDC 1132082'

_database_code_CSD CUBANE

loop_

_citation_id

_citation_doi

_citation_year

1 10.1021/ja01072a069 1964

_audit_creation_method 'Created from the CSD'

_audit_update_record

;

2019-02-26 downloaded from the CCDC.

;

_database_code_NBS 507949

_chemical_formula_moiety 'C8 H8'

_chemical_name_systematic Cubane

_chemical_absolute_configuration unk

_diffrn_ambient_temperature 295

_exptl_crystal_density_diffrn 1.288

#These two values have been output from a single CSD field.

_refine_ls_R_factor_gt 0.07

_refine_ls_wR_factor_gt 0.07

_diffrn_radiation_probe x-ray

_symmetry_cell_setting rhombohedral

_symmetry_space_group_name_H-M 'R -3'

_symmetry_Int_Tables_number 148

_space_group_name_Hall '-P 3*'

loop_

_symmetry_equiv_pos_site_id

_symmetry_equiv_pos_as_xyz

1 x,y,z

2 z,x,y

3 y,z,x

4 -x,-y,-z

5 -z,-x,-y

6 -y,-z,-x

_cell_length_a 5.340

_cell_length_b 5.340

_cell_length_c 5.340

_cell_angle_alpha 72.25

_cell_angle_beta 72.25

_cell_angle_gamma 72.25

_cell_volume 134.298

_cell_formula_units_Z 1

loop_

_atom_site_label

_atom_site_type_symbol

_atom_site_fract_x

_atom_site_fract_y

_atom_site_fract_z

C1 C -0.18711 0.19519 0.10706

C2 C 0.11546 0.11546 0.11546

H1 H -0.32460 0.34680 0.18480

H2 H 0.21000 0.21000 0.21000

C1D C -0.10706 0.18711 -0.19519

C1E C -0.19519 -0.10706 0.18711

C1A C 0.10706 -0.18711 0.19519

C1B C 0.19519 0.10706 -0.18711

C2C C -0.11546 -0.11546 -0.11546

H1D H -0.18480 0.32460 -0.34680

H1E H -0.34680 -0.18480 0.32460

C1C C 0.18711 -0.19519 -0.10706

H1A H 0.18480 -0.32460 0.34680

H1B H 0.34680 0.18480 -0.32460

H2C H -0.21000 -0.21000 -0.21000

H1C H 0.32460 -0.34680 -0.18480

#END