A fost fondat în anul 1999 de Consiliul Judeţean Chişinău şi a activat în condiţiile autonomiei juridice şi financiare pînă în iulie 2003, după care pînă la reorganizare, s-a aflat în componenţa Spitalului Raional Anenii Noi.
CMF Anenii Noi a fost reorganizat la 20.12.2007 în conformitate cu ordinul Ministerului Sănătăţii nr. 404 din 30.10.2007și în baza deciziei Consiliului Raional Anenii Noi nr. 05-01.
În anul 2015 CMF Anenii Noi a fost reorganizat în CS Anenii Noi pe baza Deciziei Consiliului Raional Anenii Noi nr. 03-07 din 21.05.2015 "Cu privire la reorganizare prin transformare a IMSP Centrul Medicilor de Familie Anenii Noi" modificata cu Decizia Consiliului Raional Anenii Noi nr. 07-14 din 17.09.2015 "Cu privire la completarea modificarea și abrogarea unor decizii aprobate anterior" înregistrat prin urmare la Camera Înregistrării de Stat pe data de 19.10.2015 modificata prin Decizia Camerei Înregistrării de Stat privind înregistrarea modificarilor din 19.10.2015 Dosar nr. 1007600077114 Oficiul teritorial Chisinau.
În conformitate cu Politica Naţională de Sănătate şi Strategia de dezvoltare a sistemului de sănătate în perioada 2008 – 2017 în care AMP a devenit legal una dintre priorităţile sistemului de ocrotire a sănătăţii din Republică, Centrul Medicilor de Familie a realizat paşi importanţi în dezvoltarea Bazei Tehnico – Materiale, resurselor umane.
Din sursele Companiei Naţionale de Asigurări în Medicină şi cu suportul Consiliului Raional Anenii Noi au fost reparate majoritatea edificiilor instituţiilor medicale, procurat echipament medical, unităţi de transport.
Sînt în plină desfăşurare activităţile ce ţin de implementarea unui sistem informaţional modern în cadrul instituţiei, care va crea condiţiile necesare medicilor de familie pentru folosirea maximală a timpului în folosul pacientului. Toate aceste activităţi vor duce la sporirea calităţii serviciilor medicale.