RESEARCH
益生菌對人體微生物群(Microbiome)應用與益生菌開發
研究微生物與人體健康關聯，包括腸道生態穩定、微生物與腸內分泌及賀爾蒙調節關係、腸道微生物與腦之間連結(腦-腸線軸新概念)巴金森氏症、自閉症等、腸道微生物與肥胖、第二型糖尿病關聯性、腎臟病與微生物群關係。將人體微生物研究用於保健產品開發與個人化營養保健新模式。
生質能源與環境生物技術
生質能源是目前國家積極進行之方向，我們與機械、化工跨領域合作，發展生質能源技術，以酵素轉化廢棄油為生質柴油，並利用微生物合成酒精、丁醇、甲烷與氫氣等生物能源與化學原料。也與產業界進行合作與技術轉移，建立以生物技術去除空氣污染，進行堆肥場、半導體及光電廠實場操作，未來將開發高效率去污菌株用在環境保護上。
酵素工程開發
熱穩定酵素可用在醫藥、化學特用品上，酵素可藉由提高蛋白質緊密度，增加氫鍵、鹽橋含量等提高蛋白質的耐熱性。本實驗室設計出具熱穩定性酵素，以作為藥物、生化原料藥生產，此外藉由酵素活性區域修改可以增加酵素的催化活性，應用在藥物合成與化學特用品上。
基因體與系統生物學
基因網路與系統生物學是新跨領域學門，它結合生物晶片與NGS(次世代定序技術)方法來研發生物醫學。經由基因轉錄、轉譯調控達到基因大量表現。目前我們利用生物晶片與NGS(次世代定序技術)驗證基因調控網路，解析醫學上糖尿病與胰島素基因複雜調控機制。
生合成藥物與幹細胞工程
微生物二次代謝產物有許多生理活性包括抗癌物、抗生素、降血壓劑、膽固醇合成抑制劑。本實驗室與食品工業研究所合作完成膽固醇合成抑制基因選殖，用在新化合物合成。幹細胞組織工程為重要生技產業，臍帶血細胞已在臨床上使用，針對特殊幹細胞進行研究，探討幹細胞分化與生長的影響。
產業界與研究合作單位： 執行科技部研究計畫與產學合作型計畫
產業界─益佳元生物科技、豐華生物科技、百芮生物科技、清華科技檢驗公司、法國Lafarge Aluminates。
國家研究單位─工業技術研究院、國家衛生研究院、食品工業研究所、核能研究所、農委會農業試驗所。