Los órganos de la Comunidad de Micronaciones en Chile son:
La Asamblea General;
La Secretaría General;
El Consejo de Jefes de Estado;
La Presidencia pro tempore.
La Asamblea General está conformada por un o una Representante por cada Estado Miembro, nombrado por el gobierno de cada uno de éstos.
Tiene las siguientes atribuciones:
Representar a los Estados Miembros en la elaboración y adopción de normativas y resoluciones;
Proponer y aprobar proyectos de Resolución y Normativa de carácter institucional o sobre otros temas que sean de su competencia;
Promover los espacios de diálogo que favorezcan la participación ciudadana en el proceso de cooperación micronacional chilena.
Sus reuniones son semestrales, y son presididas por el Secretario General.
La Secretaría General es el órgano que ejecuta los mandatos que le confieren los órganos de la Comunidad de Micronaciones en Chile, y ejerce su representación legal por delegación expresa de los mismos. Es elegido por la Asamblea General de entre sus miembros, por un periodo semestral, reelegible una vez consecutiva.
Sus atribuciones son:
Presidir las reuniones ordinarias de la Asamblea General;
Apoyar a la Asamblea General, el Consejo de Jefes de Estado y la Presidencia pro tempore en el cumplimiento de sus funciones;
Proponer iniciativas y efectuar el seguimiento a las directrices de los órganos de la Comunidad;
Celebrar los actos jurídicos que promulgan y sancionan las resoluciones y normativas de la Comunidad de Micronaciones en Chile.
El Consejo de Jefes de Estado es el órgano compuesto por los Jefes y Jefas de Estado de las micronaciones parte de este tratado. Su nombramiento es ex officio de su calidad de Jefe o Jefa de Estado.
Sus atribuciones son:
Representar a los Estados Miembros en la aprobación de normativas y resoluciones que sean despachadas desde la Asamblea General;
Establecer los lineamientos políticos, planes de acción, programas y proyectos de integración micronacional que la Comunidad de Micronaciones en Chile se proponga;
Convocar reuniones extraordinarias, con la aprobación de dos tercios de sus miembros.
Sus reuniones son anuales, y están presididas por el Presidente pro tempore.
La Presidencia pro tempore será ejercida rotativamente por cada uno de los Estados Miembros, en orden alfabético, por períodos semestrales. Será ocupada por el Jefe de Estado en ejercicio de la micronación que ostente la Presidencia en ese momento.
Sus atribuciones son:
Preparar, convocar y presidir las reuniones de los órganos de la Comunidad de Micronaciones en Chile, a excepción de la Asamblea General, que preside sólo en reuniones extraordinarias;
Representar a la Comunidad en eventos internacionales, previa aprobación por parte de los Estados Miembros;
Asumir compromisos y firmar Declaraciones con terceros, previo consentimiento de los órganos correspondientes de la Comunidad.