En 1928, los Padres Mercedarios del Perú, suplicaban a las superioras de la Congregación Mercedaria, para que fundaran casas en estas tierras. Los primeros días de 1928 llegan a Cusco, las tres primeras Mercedarias, para hacerse cargo del Asilo de Infancia, anexo a éste había una escuela, empezando aquí la labor docente de las religiosas, la primera Directora fue la madre Rosa Jesús Quer. La creación se remonta al 19 de mayo de 1928, por mandato de la R.S. Nº 095, fue fundada como Escuela Primaria Nº 7406, funcionando en el Centro Hogar Educacional San Pedro.
En 1941, el Centro Escolar Nº 747, funcionaba con sesenta estudiantes, una Directora y dos auxiliares de Educación, todas eran religiosas. Luego toma el nombre de Centro Educacional San Pedro y se le pone el Nº 50001, siguiendo como anexo del Centro Hogar, las ciento veinte alumnas eran internas. Dado que las niñas no tenían contacto directo con el mundo externo, las religiosas con su Directora Hermana Isabel Valer, vieron por conveniente invitar algunas niñas de la zona para que recibiesen educación primaria gratuita en el Centro Hogar junto a las internas. Esta idea se concretiza en 1972, siendo las primeras alumnas externas: Hnas.: Rosa e Isabel Hilares Loaiza, Tula García Ordóñez, Fernanda y Marina Arana Yampi, Lía Valer y Josefina Gallegos Tello.
La apertura del nivel secundario se produce el 19 de julio de 1974, en mérito a la RD Nº 1631 de 22 de septiembre de 1978. Ese mismo año egresa la primera promoción de alumnas del Nivel secundario.
En 1979, estando como Directora la Madre Bernardita Cruz Cárdenas, se gestionó el cambio de nombre por el de Centro Educativo "María de la Merced", en honor a la Patrona ala Virgen de las Mercedes.
Han transcurrido 96 años de fructífera labor Educativa en beneficio de la niñez y juventud estudiosa, logrando llegar al corazón de toda nuestra Comunidad Cusqueña por el trabajo realizado en los aspectos de formación humana, formación cristiana comprometida, académico, cívico, familiar y deportivo, alcanzando los mejores lauros y éxitos en cada uno de ellos tanto a nivel local, regional y nacional. Nuestras exalumnas, hoy en día se desempeñan como eficientes profesionales en las diferentes líneas del saber humano, todas comprometidas en forjar un Perú cada vez más digno.
La conducción de nuestra prestigiosa Institución Educativa está a cargo de la Congregación de Religiosas Mercedarias Misioneras mediante Convenio con el Ministerio de Educación, y dirigida por la Profesora Ana Julia Huánuco Delgado, bajo la Promotoría de las Hermanas Mercedarias Misioneras en la persona de la Hna. Matilde Lloclla Sullca, teniendo una selecta plana de Docentes, Personal Auxiliar, Administrativo y de Apoyo, cada uno de ellos comprometidos con la sagrada tarea de educar y brindar una Educación Integral y Liberadora, con los valores de libertad, sencillez, responsabilidad, Fe en la providencia y verdad.