まず、この作品の世界は2度人類が滅亡している(原作1巻おまけページ＆カナザワの発言) そして、寺院の約400年の記述、建物の荒廃具合から、2番目に栄えた人類(以下第二人類と呼ぶ)が活動していた時から現在まで相当な時間が経過している(戦争中に大掛かりな寺院を建てるとは考えにくいので戦争が起こったのは400年前より最近)

また、登場人物の年齢的にも十数年前に戦争(？)があったとは考えにくい(説明が体験というより知識的)

よって今生きている人類は第三人類(=先の大戦の経験なし)なのではないか、と推測出来る。

他に別アプローチを考える 

作中では、近未来的な武器などが出でくるが、チトとユーリの装備品は、いずれも古いデザイン(作られたのは新しいらしい)である。これは最初の人類の残した設計図の解析がまだその程度しか進んでいないことを示していると推測できる。イコール、チトとユーリの故郷の技術力はまだまだひよっこだとも考えられる

以上から、作中に登場した生きた人間は三番目の人類で何らかの隠れ里的な場所で過ごしていたが、各々の理由(チトとユーリは戦争)で離れなければなれなくなった

この作品では階層状の都市が登場するが、上層に行くほど文明が残っているのに疑問を持った人もいるのではないだろうか？

そこで、思いついたのが、戦争は下層からゆっくり上層へ登っていった(1度にドーンではなく、階層別にじわじわと)

理由としては、１巻02話で戦車や爆薬などが出てくるが、次に本格的な武器が出てくるのが当分先だということそして、またもや古いデザインであること。またヌコ達がそれらを処理していない(=比較的新しい)こと、恐らく故郷の戦争がそこまで｢登ってきた｣と言うことではないだろうか。

そしてこれは第二人類にも当てはまると考えられる

戦争などから逃げるため第二人類は上層へ移動したのではないか、もしそうなれば上層の方が近代的であること、インフラが残っていること(下層より後に戦争してるから)の説明がつく。

イメージ   A階層で人類発展→戦争→上B階層へ一部の人避難→発展→戦争→避難…

また、おじいさんが下ではなく上に行けと言ったのもこの辺のことが要因なのではないだろうか

戦争でと言うより、ヌコ達の浄化作用によるものだと思われる。

逆を返せば武器等が落ちている場所は、浄化後に置かれたものであるとも推測できる。

他に、上層へ避難していったことも考えると私物自体少なかったとも見れる

謎の石像とヌコが、酷似していると思った。第二人類が開拓するため上層へ足を踏み入れた時に浄化しているヌコに、あったのではないか。

4巻32話から、過去にも同じようなこと(人類滅亡？)があったとヌコが言っている(「再び」眠りにつくだろう)それを考えるとチト達が出会ったように、第一人類が、滅んだあとその土地を浄化していたヌコと戦争から逃げて下層からゆっくり開拓を進めていった第二人類が何処かで鉢合わせになった可能性はある。そしてそこが寺院のあった場所なのではないか。

謎の方法で浄化する謎の生物を目の当たりにした人間は、神性を感じたのかもしれない。

第一人類誕生そして、高い文明と技術力によって、階層都市やその他ハイテク機器を作る

何らかの影響で滅亡

ここからヌコの浄化作用が始まる

ひっそり生きていた第二人類が終末世界の開拓を始める

設計図の解析技術の向上により大発展を遂げる。(この時にもある程度は上層開拓をしていた)しかしその後なんらかの影響(戦争？)により人々は、上層を本格的に目指すようになる。この辺の年代で、とある階の開拓中ヌコに出会い、神として崇める(約400年まえ)

戦争が広がり第二人類が滅亡

しばらくして、第三人類が現れる

チトとユーリが生まれる(19~10年前)

下層から戦争が登ってきて、上層へ避難するよう言われる

現在

チト達が3番目の人類であること、下層から上層へ戦火が広がっていったことをベースに考えると色々説明できそうだと思った。

続きがめちゃ気になる！