La historia de Jaén se remonta al período del Horizonte Tardío, entre el 1000 y el 1500 a.c. Al pasar del tiempo se ha ido encontrando evidencias como lo son los antiguos conjuntos piramidales de Montegrande y San Isidro, en el Valle de Jaén donde se registraron estudios de la cerámica de estas primeras poblaciones siendo influenciadas por la cultura pre-Chavín.

Los incas intentaron conquistar la zona durante el reinado de Huayna Capac pero fueron repelidos por los Pakamuros, pueblo amazónico que habitaba la zona. Sin embargo, se ha encontrado en los artefactos ceremoniales influencia inca, los conquistadores en cambio tuvieron más éxito en someter a estas tribus y tras diversos acontecimientos se llega a fundar en 1549 la ciudad de Jaén por el cápitan Diego Palomino.