As atividades do CientificAção são desenvolvidas seguindo aprendizagens baseadas em problemas e/ou estudos de caso, nas seguintes etapas:
1ª etapa - Apresentação do tema central para investigação e dos objetivos iniciais da pesquisa, sempre relacionado com algum problema socioambiental da realidade dos participantes. Neste momento, os participantes são orientados sobre como selecionar referenciais teóricos de qualidade para construir uma revisão bibliográfica adequada, que serve para a compreensão teórica do tema pesquisado. Encontros semanais ou quinzenais são realizados para acompanhar o desenvolvimento dos participantes.
2ª etapa - Cerca de um mês após o início das revisões, ocorre uma apresentação interna ao grupo de pesquisa, onde discutem entre si e com o/a orientador/a possíveis formas de completar os objetivos iniciais. Esta etapa também serve para que os participantes tragam suas próprias indagações, contribuindo assim para o desenvolvimento da pesquisa.
3ª etapa - Dependendo do objetivo de cada investigação, é preciso utilizar o instrumento de coleta de dados adequado e sua forma de análise. Nesta etapa, os participantes amadurecem ainda mais os objetivos e trabalham nos seus instrumentos de coleta (questionários, análise de materiais, documentos, informações de sensoriamento remoto, entre outros) e podem contar com um processo de validação realizado por outros profissionais não associados ao CientificAção, garantindo maior rigor científico. Quando tudo está de acordo, os instrumentos são postos em prática.
4ª etapa - Após a coleta, os participantes desenvolvem habilidades de análise e organização dos dados obtidos. Aqui, eles podem aprimorar ou iniciar conhecimentos em ferramentas do Pacote Office, LaTeX e programação. A análise adequada leva o/a participante a uma conclusão, que será apresentada inicialmente ao/à orientador/a.
5ª etapa - Com as conclusões prontas e adequadas, o/a participante escreve um relatório completo sobre a pesquisa, seguindo as normas da NBR 6023. Após a aprovação do trabalho pelo/a orientador/a, o/a participante segue para a apresentação à comunidade. A participação em outros eventos e a publicação dos trabalhos não são obrigatórias, mas são recomendadas e incentivadas pelo CientificAção.