L’any 1967 només s’acceptaven novel·les en castellà. Així, en coincidència amb el centenari del naixement de Prudenci Bertrana (1867), es va convocar un guardó per a novel·les escrites en català, amb finançament popular i amb el suport del Círculo Artístico de Gerona.
El 6 de gener del 1968, en una festa al Teatre Municipal de Girona, es va donar a conèixer l’obra guanyadora de la primera edició del Premi Bertrana: Estat d’excepció, de Manuel de Pedrolo, que a causa de la censura no es va poder publicar fins al 1975, sota el títol d’Acte de violència.
A partir del 1978 s’hi afegí el patrocini de la Delegació del Gironès d’Òmnium Cultural, entitat a la qual el 1979 s’integrà la comissió organitzadora.
Amb els anys, es van anar creant premis nous:
1978: Premi Miquel de Palol de poesia.
1980: Premi Carles Rahola d’assaig.
1986: Premi Ramon Muntaner de literatura juvenil.
1988: Premi Francesc Eiximenis d’assaig religiós
1996: Premi Cerverí a la millor lletra de cançó.
2001: Premi LletrA a la millor iniciativa digital de i sobre literatura catalana.
2022: Premi Aurora Bertrana a la traducció d’una obra literària ja publicada.