El DNA: 4 letras muy informativas

Sesión 5: ¡¡Fijando fechas clave!!!

Jueves, 25 Marzo de 2021

Ayer Miércoles tuvimos una nueva reunión clave. En ella, nos dimos cuenta que la tarea que llevábamos en marcha toca su fin… . Y es que en sólo tres meses (quizás menos), hay que ver lo que hemos avanzado en nuestro conocimiento sobre Reverso Transcriptasas. Pero …. Hemos avanzado?? En lo que si hemos avanzado es en lo mucho que nos quedaría por hacer, pero es que la ciencia avanza así. ampliando el conocimiento a costa de darnos cuenta de lo mucho que queda por conocer.

Y es que como todo en ciencia, para avanzar, tenemos que cerrar lo que hemos hecho.

Y es lo que nos toca ahora, la guinda!!!


En nada de tiempo tendremos un super congreso!!! Donde deberemos exponer los resultados. En Inglés!!! Afortunadamente lo vamos a grabar y lo que se emitirá será una grabación, pero eso no nos quitará los nervios, ya que tendremos que asistir porque habrá una ronda de preguntas a las que deberemos responder. Será una fiesta de la ciencia, pero a diferencia de otros años, concentrada en mucho menos tiempo. Pero…

Que es lo que hemos hecho??? .

Por lo pronto, ayer le pusimos todo un señor título a nuestro trabajo:


A lo largo de estos días tendremos que estar atentos al blog, a los correos, al wasap, porque tenemos que darle forma a todo nuestro trabajo.

Por suerte, nuestro Investigador tiene las ideas claras y nos ayudará en todo. Tenemos esa grabación de la charla pendiente… pero… primero debemos de concienciarnos de lo que hemos hecho y hasta donde hemos llegado (que es mucho!!!!).

El final se nos acerca… manos a la obra

aupa DNA team!!!

Francisco Martínez-Abarca

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Proyectos PIIISA relacionados con nuestra investigación de años anteriores:

El "DNA team": nuestro alumnado participante en el proyecto son de 2º de bachillerato del IES Francisco Ayala.

Sesión 4: Convirtiéndonos en ‘Bioinformáticos’ expertos (I)

Sábado, 6 de Marzo del 2021

El pasado Sábado tuvimos de nuevo una sesión intensa de bioinformática… Pero Paco se equivocó y finalmente no quedó grabada. Afortunadamente grabó un tutorial resumen de todo lo que hicimos y de todo lo que nos queda por hacer (enlace a los recursos con la grabación que os envié).

Y es que. “identificar genes” no es una tarea fácil. Sobre todo si además hay que hacerlo de manera precisa… .

Porque estamos identificando toda una colección de Reverso transcriptasas específicas y en tándem: las “famosas” UG3 y UG8…

Así, por ejemplo, en uno de los grupos (el presentado por Javier) que se corresponde con las entradas: 19-25.

Javier identificó gracias a la herramienta “ORF search” las dos proteínas a estudiar:

Para tras ello hacer las comparativas de las 5 UG3 por un lado y las 5 UG8 por otro. Javier envió la siguiente información correspondiente al alineamiento de las UG3:

Que conlleva el siguiente alineamiento:

Y como se puede observar, algo raro sucede en la secuencia subrayada en rojo. Parece más corta que el resto, mientras que la UG3 se caracteriza por unos 400-429 aminoacidos, esa UG3 parece excesivamente corta (sólo 255 aminoacidos), como si le faltaran los primeros 160. Los alineamientos nos indican de alguna manera la veracidad de la proteína identificada. Y es que, como sucede en este ejemplo hay veces que las proteínas no empiezan por el triplete ‘ATG’

Así que una vez corregido el comienzo de esta proteína, el alineamiento ya sí parece más correcto:

Además, tenemos que recolocar las proteínas alineadas para que vayan de manera descendente en el alineamiento. De tal manera que finalmente nos quedarían en este orden:

Convirtiéndonos en ‘Bioinformáticos’ expertos (II)

Sábado, 6 de Marzo del 2021

Y finalmente nos quedó la tarea de estudiar una posible estructura de un “pequeño ácido nucleico” tras la UG8:

Figura 1: Estructura conservada del posible RNA transcrito justo detrás de la secuencia de la UG8.

Para lo cual, necesitábamos alinear los 300 nucleótidos tras la secuencia de la proteína (tal como muestro en el tutorial (enlace al video). En el mismo orden de secuencias en los que hemos definido el alineamiento de las dos proteínas (esto es en sentido descendente).

Así, de nuevo para las muestras que usamos inicialmente (secuencias 2 a 9), creamos otros 5 documentos nuevos consistentes en 336 nt (36 nucleotidos del final del gen UG8 y los 300 nucleótidos siguientes).

Figura 2: Ejemplo de la secuencia a analizar la posible presencia de una estructura conservada en el DNA

Y el alineamiento de los mismos 5 y en orden descendente (de más cercano a más lejano) nos da:

El análisis en detalle de estos alineamientos nos permitirá vislumbrar un posible patrón de conservación que sugiera la presencia de RNAs conservados en alguno de los grupos que estamos analizando.

Hip, hip hurra!!!

Estamos más cerca del final de nuestro trabajo

Aupa DNA team.

Francisco Martínez-Abarca



comentarios Sesión 4

Nuestro Proyecto y las Noticias (20 años de Genómica)

Viernes, 26 de Febrero del 2021

El pasado 16 de Febrero leí esta noticia en la prensa nacional

Leyenda: Publicada en el diario El País en su sección de Ciencia (https://elpais.com/ciencia/2021-02-15/un-ano-de-pandemia-20-de-genomica.html).

Nuestro proyecto está muy influenciado por esos 20 años de era genómica. Gracias al enorme esfuerzo realizado en la secuenciación del genoma humano en el año 2001, secuenciar genomas hoy día se ha vuelto una tarea más que rutinaria. Especialmente en el mundo microbiano, y cómo no, también con el coronavirus tan actual del que se han secuenciado todas sus múltiples variantes que están surgiendo cada día.

Leyenda: Portada de la base de datos de todos los genomas de bacterias secuenciados en la actualidad (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/microbes/)

Y es que como comenta el autor del artículo: “…el genoma Humano sólo posee 22.000 genes, unos pocos más que la mosca del vinagre.” Y muchos menos de los 200.000 que están en la base de nuestro trabajo.

Así que ya veis, todo es relativo…

Aupa DNA team!!!


Francisco Martínez-Abarca

Sesión 3: Empezando nuestro proyecto “en serio”


Miércoles, 17 de febrero del 2021


Pues sí, ya tenemos tarea asignada y nada trivial!!!!, cada uno debemos de identificar y guardar (esto es “anotar” ) los genes UG3 y UG8 correspondientes a los genomas de un listado de 51 bacterias que van a sentar la base de nuestro estudio.

Tabla 1: El conjunto de genes que vamos a estudiar


Esto lo vamos a hacer según los últimos tutoriales… (mirad en recursos tutoriales 11-13). Se trata de que identifiquemos sin ningún género de dudas todos los “operones” UG3 y UG8 de todos esos microorganismos.

Figura 2: identificación del operon UG3,UG8 de la bacteria Dickeya dadantii realizado por vuestra Profe Lola Bernal.


Y como podéis recordar, el propio alineamiento entre ellos nos va a asegurar la correcta identificación.

Figura 3: Alineamiento ejemplo de las cinco proteínas UG3 correspondientes a las entradas: 2,3,4,8,9 de nuestra colección.

Por cierto, estaría bien que además conociéramos algo de los mismos. A modo de ejemplo, el documento que ha elaborado vuestra profe en relación a sus secuencias:

Campylobacter lari es una bacteria Gram – en forma de barra espiral con un solo flagelo. Se aisló por primera vez en gaviotas y causa enfermedades esporádicas en humanos inmunodeprimidos. Son termofílicas, que crecen óptimamente a 42 °C y microaerófilas, que requieren oxígeno reducido. Reservorio principal en aves de corral y otras aves o incluso mamíferos, aunque no suele ser causa de enfermedad en estos animales. Se transmite a los humanos por el agua contaminada.

Bacteroides thetaiotaomicron es una bacteria anaerobia Gram-negativa que forma parte importante de la microbiota intestinal humana. Digiere polisacáridos no digeribles por nuestro intestino y nos protege de otras bacterias patógenas. Además de otros beneficios para el ser humano como su papel en la transición del bebé de la leche a la dieta dura o favoreciendo la angiogénesis. Posee un mecanismo de detección medioambiental (sensing) que consiste en proteínas de membrana externa. También puede ser patógena, presentando resistencia a antibióticos.

Dickeya dadantii es un bacilo Gram –, que causa daños en vegetales, como necrosis o plagas. Contiene muchas pectinasas, que rompen las paredes celulares de las plantas. Infecta principalmente tubérculos y bulbos pero también puede afectar a muchos otros cultivos, causando pérdidas económicas importantes. Miembros de su familia son anaerobios facultativos y producen fermentación láctica.”

Vamos!!!! Que ya estamos encaminados!!!!

Aupa DNA team


Francisco Martínez-Abarca

Comentarios Sesión 3 (Responses)

Consecuencias del otro día; nuestro primer trabajo “en casa”


Tras nuestra última sesión, os mandé la tarea de que encontráramos los genes UG3 y UG8 en L. populi. Y todos lo hicisteis bien. Identificasteis dos proteínas: la UG3 de 398 aminoácidos y la UG8 de 686 aminoácidos.

Pero también os hice una pregunta. Y es que comparáramos, con la herramienta align - aminoacidos, los dos tipos de enzimas reverso transcriptasas (RTs), las dos que están en tándem, en las bacterias E. coli y L. populi y las de cada tipo entre sí (UG3´s por un lado y UG8´s por otro).

Os pedía estas 4 comparaciones:

Que alguno de vosotros las hizo también.

Pregunta:

(i) Si observamos las comparativas mostradas, ¿ qué podemos concluir sobre estas RTs ?, recordemos, todas están anotadas como RTs, pero a pesar de estar en tándem, una detrás de la otra, se parecen más las UG3 entre sí y las UG8 entre sí que la UG3 y la UG8 del mismo microorganismo (genoma).

(ii) Un aspecto curioso son los números de esa comparativa, ¿ qué nos sugieren ?? Cualquier idea es bienvenida…


Podéis dejar vuestros comentarios o ideas en el formulario:


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Sesión 2: Entendiendo nuestro proyecto: archivos de un montón de letras

Lunes, 8 de febrero de 2021


Y ya parece que llevamos trabajando con el clone manager toda la vida. Vamos que casi somos unos expertos y ¡¡¡¡sólo nos hemos puesto las pilas en un par de sesiones!!!

Y es que el anterior Lunes (1 de Febrero) entendimos la información “escondida” que hay tras una secuencia de DNA, que no es otro que la codificación de un gen (en este caso una proteína).

Practicamos con la herramienta ORF Search y también, y muy importante, la herramienta Translate (ver tutoriales en los vídeos de recursos).

Y es que ya sabemos de lo que va a ir nuestro proyecto, o no??

Y es que ahora nos toca trabajar en una serie muy curiosa de loci genéticos:

Los famosos: UG3 Y UG8

Dos genes en tandem que codifican para dos tipos distintos de reverso transcriptasas, que son los que vamos a estudiar!!!!

Hip, hip Hurra…

Ya tenemos nuestra hoja de ruta!!!

Francisco Martínez-Abarca

Sesión 1: Tras nuestra primera sesión… Ufffffff!!!!

Lunes, 1 de febrero de 2021

Vaya día el pasado Lunes!!!!, y es que este investigador nos quiere volver locos a todos.

No va y dice que debemos de aprender a manejar el programa Clone manager.

¡¡Como si fuera una tarea sencilla!!

Pero sí, poco a poco, nos vamos a enterar de cómo se manejan las secuencias de DNA y bien mirado, no es tan complicado… .

En realidad no es sólo trabajar con secuencias de DNA, sino también entender que estamos trabajando con genes!!!!

Ahora nos toca practicar un poco y de momento nos ha dejado una serie de “tutoriales” grabados el Lunes pasado para que recordemos y practiquemos lo que dimos.

Y es que vaya Jornada ¡!! Hasta hubo un terremoto!!!


Marcos abiertos de lectura I (herramienta ORF search) . Terremoto incluido jajajaja.


Una nueva cita nos espera!!!! Estemos preparados!!!!

Francisco Martínez-Abarca

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ARRANCA CAOS!!!!!!

Miércoles, 27 enero 2021

Hace unos días se dio el pistoletazo oficial de salida de este fantástico proyecto!

Web de la EEZ-CSIC (https://www.eez.csic.es/es/node/287) donde se destaca el comienzo de nuestro proyecto

Junto al nuestro, otros cuatro proyectos ya han comenzado con alumnos de otros institutos de Granada y otras provincias. Os animo a que buceéis en ellos y los sigáis en los enlaces que ya hemos dispuesto en nuestra fantástica web.

En breve tendremos tb nuestro “pistoletazo” de salida particular.

Entre tanto, os pongo deberes que no son otros que le echéis un vistazo profundo a los blogs de años anteriores de proyectos parecidos: ¿El genoma de mi bacteria posee elementos CRISPR? y Descubriendo nuevas especies a través de la Bioinformática

En ambos se han usado el programa clone manager que va a ser la base de nuestro proyecto y con el que comenzaremos de manera profunda nuestra primera cita de trabajo!!!


Aupa DNA team!!!


Francisco Martínez-Abarca