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El pasado fin de semana!!!!
Martes 05 de Octubre 2021
Este fin de semana tuvo lugar Ciencia en Acción.
Aspecto de nuestro stand con las profes “protagonistas”. Virginia y Lola (IES Ayala) y Lidia (IES Arjé).
Fue todo una fiesta. Y nuestro stand de los más exitosos!!!!
Aspecto de toda una fiesta de la Ciencia en la plaza de toros de Atarfe.
Además, Lola, vuestra profe, montó todo un stand de “experimentos” y modelos para que el público entendiera mejor lo que es el ADN y en resumen, en lo que consistían nuestro(s) proyectos.
La fiesta terminó el domingo con la entrega de diplomas.
Así que…, todos tenemos un diploma como éste de Carmen:
Eso, Ya estáis tardando en enviar a alguien que os lo recoja!!!!.
¡Y es que no puedo decir otra cosa que Enhorabuena!!!!
Mis felicitaciones a todos los que han hecho posible este éxito. Y le tenemos que agradecer a Virginia la ayuda prestada en su participación en la feria de Atarfe.
Aupa DNA team!!!!
Páginas vistas en total
Proyectos PIIISA relacionados con nuestra investigación de años anteriores:
El "DNA team": nuestro alumnado participante en el proyecto son de 2º de bachillerato del IES Francisco Ayala.
¡¡Estaremos en Ciencia En Acción!!!
Lunes 05 de Julio 2021
El viernes de la semana pasada se resolvieron los premiados de la Feria de la ciencia y sorpresa!!! Hemos sido uno de los galardonados.
Hip, Hip, Hurra!!!!
Lo conseguimos!!! Y es que tenía un pálpito!!! Y casi estaba seguro de que nos iban a premiar.
Hemos conseguido una de las dos menciones de honor en el Taller de Biología (Premio Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular – SEBBM)!!!!
Eso significa que tendremos que preparar algo para asistir a la feria.
Todavía no sé cómo será si habrá limitaciones por COVID, etc…
Os mantendré al tanto.
Disfruten del verano!!!
Aupa DNA team!!!!
Y Nuestro Proyecto es Noticia!!
Viernes 02 de Julio 2021
El periódico Granada Hoy en su sección "Ciencia abierta" ha publicado un resumen de todo el Proyecto CAOS!!! El pasado Martes 29 de Junio.
Y es que este proyecto no ha dejado de ser una experiencia super importante. Hasta creo que ha influenciado muy positivamente en el desarrollo de vuestra selectividad.
La noticia también tiene su acceso en el periódico digital: https://www.granadahoy.com/ciencia_abierta/CAOS-Ciencias-Agrarias-Online-Secundaria_0_1587141846.html
Donde se pueden ver también las imágenes en color!!!
Y nosotros tb hemos salido!!! Con mascarilla, eso sí, pero se nos identifica!!!
¡Hemos pasado de interesarnos por las noticias del mundo a ser nosotros mismos la Noticia!!!
Hip, Hip Hurra!!!!
Aupa DNA team
Nuestro Proyecto y las Noticias (II)
Miercoles 16 de Junio 2021
Hace cuatro días se publicó esta noticia en la prensa Nacional.
Publicada en el diario El Mundo en su sección de Ciencia
(https://www.elmundo.es/ciencia-y-salud/ciencia/2021/06/12/60c47cdefdddfff7ba8b4633.html).
Cuando acabemos la selectividad, os recomiendo que le echéis un vistazo y leáis este artículo. Debéis de ser los chicos de secundaria españoles que mejor entienden esta noticia. ¿Por qué no nos sorprende tanto como al autor de la noticia???
Bueno, algo sí nos sorprende. La noticia ahonda en detalles sobre una DNA polimerasa con actividad transcriptasa inversa: la Polimerasa Theta.
Y es que, algo ha cambiado en nosotros, ya no podemos quedarnos sólo con los titulares ante noticias como ésta. Ya entendemos la importancia de las mismas.
Bueno, buena selectividad…
Hip, Hip Hurra!!!!
DNA Team!!!
Crucemos los dedos// la suerte está echada
27 de mayo de 2021
Pero… ¿todavía quedan sorpresas en este proyecto?... Resulta que todavía podemos tenerlas.
El pasado 25 de Mayo, nos inscribirnos en una Feria de la Ciencia.
Ciencia en Acción (Science on stage en Europa) lleva más de 21 años de recorrido difundiendo iniciativas atractivas que motiven a la sociedad a interesarse por la ciencia. Y organiza una reunión todos los años.
Y sí, Paco ha rellenado la solicitud para poder participar. Nuestra solicitud la hemos realizado en el taller de Biología con el sugerente título:
El DNA: cuatro letras con mensaje
(Curso acelerado de bioinformática para estudiantes de secundaria)
A lo largo del verano (probablemente Julio) nos dirán si finalmente podremos acudir, habrá un jurado y deberemos esperar a ser seleccionados (aunque tb habrá una modalidad no-presencial).
Estaremos pendientes!!
Hurra!!!!
Nuestro artículo // Nuestra Primera publicación
14 de mayo del 2021
Esta semana ha sido de nuevo estresante, como lo está siendo desde que nos metimos en este “endiablado” proyecto y que tantas alegrías y esfuerzos nos está costando. Y es que, Paco nos pidió que completáramos algunas partes del artículo y que añadiéramos nuestra visión del proyecto en su conjunto.
Imagen 1: Resumen que define las principales conclusiones extraídas de nuestro trabajo.
Tras su insistencia y la ayuda de Lola, la profe, que nos metió una presión extra, finalmente hemos logrado dar la forma definitiva al trabajo (con una tremenda ayuda de nuestro investigador).
Imagen 2: Un ejemplo de las contribuciones de los alumnos. En azul, la contribución de Javier para completar el texto del artículo (con pequeñas puliditas de nuestro investigador, menos mal!!!).
Ya solo queda esperar a que estén el resto de los trabajos del proyecto CAOS para que se edite en el X volumen de la revista HSSASR.
Me quedo con varias de las frases expuestas en la sección del “my own ideas” del manuscrito. Por ejemplo:
“…It has been an unforgettable experience that will remind in my memory for the rest of my life. I strongly recommend to take part in this work, you learn a lot and discover the complex structure and function of our DNA!!! So, what are you waiting for?”
Carmen Ontiveros Castro
y …
que gracioso que a varios os haya llamado la atención sobre la coincidencia del proyecto con las clases sobre DNA impartidas por la Profe: ¿¿qué casualidad no??
De visita al IES F. Ayala
Hoy Miercoles 5 de Mayo hemos tenido una jornada muy especial
Paco ha visitado nuestro Instituto para conocernos físicamente no solo a través de pantallas de ordenador como hasta ahora… Y es que vaya año más extraño, darte cuenta que conoces a mucha gente pero que sólo habías interactuado con ellas a través del ordenador.
Paco nos ha explicado utilizándose como ejemplo, cómo puede ir la carrera investigadora de alguien que en un momento determinado quiera dedicarse a la Investigación. Hay muchos caminos y todos válidos, sería el resumen, bueno, y además que es un camino muy largo, de años…, pero años en los que pasan cosas, de hecho, lo importante no es la meta, sino el camino.
Fig. 1: Itinerario de la trayectoria investigadora de FM-Abarca una vez ya incorporado al CSIC desde su estancia en Holanda
En la visita hemos vuelto a ver el video de nuestra presentación que según Paco nos ha servido entre otras cosas para refrescar el proyecto. Y tras él hemos tenido entrega de diplomas (nuestro primer congreso) con foto de grupo incluida.
Imagen 2. El investigador y los diplomados…
Y es que debemos refrescar nuestra presentación porque en ella está resumido lo que nos queda por hacer. Sin duda lo más importante y lo que con el paso de los años nos quedará:
Nuestra publicación:
porque todavía nos queda la guinda!!!
Nuestra publicación, que ya va cogiendo Forma…
Imagen 3: Nuestro Artículo!!!!
Pero quedan todas nuestras aportaciones. Esta Mañana Paco nos ha dado una serie de guías a seguir. Tenemos el propósito de cerrarla para el próximo fin de semana.
Toda una primera publicación en nuestro curriculum!!!!!
Hip, hip Hurra!!!
Ánimo que casi lo hemos conseguido.
¡¡Y vaya día!!!
Hoy ya es Viernes 16 Abril del 2021
Y vaya jornada tuvimos ayer!!.
Y es que fue un congreso genial, empezando por el conferenciante invitado!!! El profesor Roberto Kolter, que nos dio una charla muy inspiradora sobre “¿qué es la vida?”
donde montones de preguntas se nos quedaron en el tintero … en particular una: “¿será el alma (“libre albedrío – Free will”) una cosa de la genética? Una pregunta parecida fue lo que se preguntaba Adam en el chat: si esto era más filosofía que Ciencia, pero… llegado un momento, a lo mejor no son disciplinas tan distintas¿?¿?… De hecho, las dos versan sobre el conocimiento…
Y es que el Congreso fue memorable!!! Y eso que estamos en COVID times!!!
Doble mérito. Los proyectos de todos los estudiantes eran complejos, y las preguntas que surgían eran bastante pertinentes y en algunos casos difíciles de responder… .
La presentación de nuestro proyecto, como sabíamos, salió muy bien.
Enlace al vídeo de nuestra presentación
Pero como en todos los proyectos, lo mejor fue el panel de discusión posterior. Menos mal que la más lanzada fue Rabab, aunque me hubiera gustado que hubiéramos participado más gente. Eché en falta a los chicos del grupo… ¡Pero estuvo muy bien!!!
Bueno, un eslabón más alcanzado… nos queda una próxima reunión para terminar de alcanzar el objetivo de nuestro proyecto…
“LA PUBLICACIÓN”
Atentos al blog y venga, …. A por esos exámenes con las pilas cargadas!!!
Aupa DNA team!
Francisco Martínez-Abarca
¡¡Y llegó el día!!!
Jueves, 15 de Abril del 2021
Y tras varias reuniones no comentadas en este blog, llegamos a nuestra meta (de momento). Nuestra presentación “grabada” ha salido de libro. En ella, Paco, nuestro investigador, ha sabido reflejar lo que hemos hecho de tal manera que hemos creado un mensaje claro para que nos entiendan los asistentes al congreso. O al menos eso esperamos.
Y es que ya está anunciado en distintos foros:
En la web del Centro de Investigación: La EEZ (clicar en el enlace):
También en las páginas generales de la Fundación General del CSIC.(clicar en el enlace)
Y es que seguro que nuestro congreso va a ser fantástico.
Este será el enlace al que estáis invitados a todos los simpatizantes de este fantástico Blog
Aupa DNA team!!!
Francisco Martínez-Abarca
Sesión 5: ¡¡Fijando fechas clave!!!
Jueves, 25 Marzo de 2021
Ayer Miércoles tuvimos una nueva reunión clave. En ella, nos dimos cuenta que la tarea que llevábamos en marcha toca su fin… . Y es que en sólo tres meses (quizás menos), hay que ver lo que hemos avanzado en nuestro conocimiento sobre Reverso Transcriptasas. Pero …. Hemos avanzado?? En lo que si hemos avanzado es en lo mucho que nos quedaría por hacer, pero es que la ciencia avanza así, ampliando el conocimiento a costa de darnos cuenta de lo mucho que queda por conocer.
Y es que como todo en ciencia, para avanzar, tenemos que cerrar lo que hemos hecho.
Y es lo que nos toca ahora, la guinda!!¡
En nada de tiempo tendremos un super congreso!!! Donde deberemos exponer los resultados. En Inglés!!! Afortunadamente lo vamos a grabar y lo que se emitirá será una grabación, pero eso no nos quitará los nervios, ya que tendremos que asistir porque habrá una ronda de preguntas a las que deberemos responder. Será una fiesta de la ciencia, pero a diferencia de otros años, concentrada en mucho menos tiempo. Pero…
Que es lo que hemos hecho??? .
Por lo pronto, ayer le pusimos todo un señor título a nuestro trabajo:
A lo largo de estos días tendremos que estar atentos al blog, a los correos, al wasap, porque tenemos que darle forma a todo nuestro trabajo.
Por suerte, nuestro Investigador tiene las ideas claras y nos ayudará en todo. Tenemos esa grabación de la charla pendiente… pero… primero debemos de concienciarnos de lo que hemos hecho y hasta donde hemos llegado (que es mucho!!!!).
El final se nos acerca… manos a la obra
Aupa DNA team!!!
Francisco Martínez-Abarca
Sesión 4: Convirtiéndonos en ‘Bioinformáticos’ expertos (I)
Sábado, 6 de Marzo del 2021
El pasado Sábado tuvimos de nuevo una sesión intensa de bioinformática… Pero Paco se equivocó y finalmente no quedó grabada. Afortunadamente grabó un tutorial resumen de todo lo que hicimos y de todo lo que nos queda por hacer (enlace a los recursos con la grabación que os envié).
Y es que. “identificar genes” no es una tarea fácil. Sobre todo si además hay que hacerlo de manera precisa… .
Porque estamos identificando toda una colección de Reverso transcriptasas específicas y en tándem: las “famosas” UG3 y UG8…
Así, por ejemplo, en uno de los grupos (el presentado por Javier) que se corresponde con las entradas: 19-25.
Javier identificó gracias a la herramienta “ORF search” las dos proteínas a estudiar:
Para tras ello hacer las comparativas de las 5 UG3 por un lado y las 5 UG8 por otro. Javier envió la siguiente información correspondiente al alineamiento de las UG3:
Que conlleva el siguiente alineamiento:
Y como se puede observar, algo raro sucede en la secuencia subrayada en rojo. Parece más corta que el resto, mientras que la UG3 se caracteriza por unos 400-429 aminoacidos, esa UG3 parece excesivamente corta (sólo 255 aminoacidos), como si le faltaran los primeros 160. Los alineamientos nos indican de alguna manera la veracidad de la proteína identificada. Y es que, como sucede en este ejemplo hay veces que las proteínas no empiezan por el triplete ‘ATG’
Así que una vez corregido el comienzo de esta proteína, el alineamiento ya sí parece más correcto:
Además, tenemos que recolocar las proteínas alineadas para que vayan de manera descendente en el alineamiento. De tal manera que finalmente nos quedarían en este orden:
Convirtiéndonos en ‘Bioinformáticos’ expertos (II)
Sábado, 6 de Marzo del 2021
Y finalmente nos quedó la tarea de estudiar una posible estructura de un “pequeño ácido nucleico” tras la UG8:
Figura 1: Estructura conservada del posible RNA transcrito justo detrás de la secuencia de la UG8.
Para lo cual, necesitábamos alinear los 300 nucleótidos tras la secuencia de la proteína (tal como muestro en el tutorial (enlace al video). En el mismo orden de secuencias en los que hemos definido el alineamiento de las dos proteínas (esto es en sentido descendente).
Así, de nuevo para las muestras que usamos inicialmente (secuencias 2 a 9), creamos otros 5 documentos nuevos consistentes en 336 nt (36 nucleotidos del final del gen UG8 y los 300 nucleótidos siguientes).
Figura 2: Ejemplo de la secuencia a analizar la posible presencia de una estructura conservada en el DNA
Y el alineamiento de los mismos 5 y en orden descendente (de más cercano a más lejano) nos da:
El análisis en detalle de estos alineamientos nos permitirá vislumbrar un posible patrón de conservación que sugiera la presencia de RNAs conservados en alguno de los grupos que estamos analizando.
Hip, hip hurra!!!
Estamos más cerca del final de nuestro trabajo
Aupa DNA team.
Francisco Martínez-Abarca
Nuestro Proyecto y las Noticias (20 años de Genómica)
Viernes, 26 de Febrero del 2021
El pasado 16 de Febrero leí esta noticia en la prensa nacional
Leyenda: Publicada en el diario El País en su sección de Ciencia (https://elpais.com/ciencia/2021-02-15/un-ano-de-pandemia-20-de-genomica.html).
Nuestro proyecto está muy influenciado por esos 20 años de era genómica. Gracias al enorme esfuerzo realizado en la secuenciación del genoma humano en el año 2001, secuenciar genomas hoy día se ha vuelto una tarea más que rutinaria. Especialmente en el mundo microbiano, y cómo no, también con el coronavirus tan actual del que se han secuenciado todas sus múltiples variantes que están surgiendo cada día.
Leyenda: Portada de la base de datos de todos los genomas de bacterias secuenciados en la actualidad (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/microbes/)
Y es que como comenta el autor del artículo: “…el genoma Humano sólo posee 22.000 genes, unos pocos más que la mosca del vinagre.” Y muchos menos de los 200.000 que están en la base de nuestro trabajo.
Así que ya veis, todo es relativo…
Aupa DNA team!!!
Francisco Martínez-Abarca
Sesión 3: Empezando nuestro proyecto “en serio”
Miércoles, 17 de febrero del 2021
Pues sí, ya tenemos tarea asignada y nada trivial!!!!, cada uno debemos de identificar y guardar (esto es “anotar” ) los genes UG3 y UG8 correspondientes a los genomas de un listado de 51 bacterias que van a sentar la base de nuestro estudio.
Tabla 1: El conjunto de genes que vamos a estudiar
Esto lo vamos a hacer según los últimos tutoriales… (mirad en recursos tutoriales 11-13). Se trata de que identifiquemos sin ningún género de dudas todos los “operones” UG3 y UG8 de todos esos microorganismos.
Figura 2: identificación del operon UG3,UG8 de la bacteria Dickeya dadantii realizado por vuestra Profe Lola Bernal.
Y como podéis recordar, el propio alineamiento entre ellos nos va a asegurar la correcta identificación.
Figura 3: Alineamiento ejemplo de las cinco proteínas UG3 correspondientes a las entradas: 2,3,4,8,9 de nuestra colección.
Por cierto, estaría bien que además conociéramos algo de los mismos. A modo de ejemplo, el documento que ha elaborado vuestra profe en relación a sus secuencias:
“Campylobacter lari es una bacteria Gram – en forma de barra espiral con un solo flagelo. Se aisló por primera vez en gaviotas y causa enfermedades esporádicas en humanos inmunodeprimidos. Son termofílicas, que crecen óptimamente a 42 °C y microaerófilas, que requieren oxígeno reducido. Reservorio principal en aves de corral y otras aves o incluso mamíferos, aunque no suele ser causa de enfermedad en estos animales. Se transmite a los humanos por el agua contaminada.
Bacteroides thetaiotaomicron es una bacteria anaerobia Gram-negativa que forma parte importante de la microbiota intestinal humana. Digiere polisacáridos no digeribles por nuestro intestino y nos protege de otras bacterias patógenas. Además de otros beneficios para el ser humano como su papel en la transición del bebé de la leche a la dieta dura o favoreciendo la angiogénesis. Posee un mecanismo de detección medioambiental (sensing) que consiste en proteínas de membrana externa. También puede ser patógena, presentando resistencia a antibióticos.
Dickeya dadantii es un bacilo Gram –, que causa daños en vegetales, como necrosis o plagas. Contiene muchas pectinasas, que rompen las paredes celulares de las plantas. Infecta principalmente tubérculos y bulbos pero también puede afectar a muchos otros cultivos, causando pérdidas económicas importantes. Miembros de su familia son anaerobios facultativos y producen fermentación láctica.”
Vamos!!!! Que ya estamos encaminados!!!!
Aupa DNA team
Francisco Martínez-Abarca
Consecuencias del otro día; nuestro primer trabajo “en casa”
Tras nuestra última sesión, os mandé la tarea de que encontráramos los genes UG3 y UG8 en L. populi. Y todos lo hicisteis bien. Identificasteis dos proteínas: la UG3 de 398 aminoácidos y la UG8 de 686 aminoácidos.
Pero también os hice una pregunta. Y es que comparáramos, con la herramienta align - aminoacidos, los dos tipos de enzimas reverso transcriptasas (RTs), las dos que están en tándem, en las bacterias E. coli y L. populi y las de cada tipo entre sí (UG3´s por un lado y UG8´s por otro).
Os pedía estas 4 comparaciones:
Que alguno de vosotros las hizo también.
Pregunta:
(i) Si observamos las comparativas mostradas, ¿ qué podemos concluir sobre estas RTs ?, recordemos, todas están anotadas como RTs, pero a pesar de estar en tándem, una detrás de la otra, se parecen más las UG3 entre sí y las UG8 entre sí que la UG3 y la UG8 del mismo microorganismo (genoma).
(ii) Un aspecto curioso son los números de esa comparativa, ¿ qué nos sugieren ?? Cualquier idea es bienvenida…
Podéis dejar vuestros comentarios o ideas en el formulario:
Sesión 2: Entendiendo nuestro proyecto: archivos de un montón de letras
Sesión 2: Entendiendo nuestro proyecto: archivos de un montón de letras
Lunes, 8 de febrero de 2021
Y ya parece que llevamos trabajando con el clone manager toda la vida. Vamos que casi somos unos expertos y ¡¡¡¡sólo nos hemos puesto las pilas en un par de sesiones!!!
Y es que el anterior Lunes (1 de Febrero) entendimos la información “escondida” que hay tras una secuencia de DNA, que no es otro que la codificación de un gen (en este caso una proteína).
Practicamos con la herramienta ORF Search y también, y muy importante, la herramienta Translate (ver tutoriales en los vídeos de recursos).
Y es que ya sabemos de lo que va a ir nuestro proyecto, o no??
Y es que ahora nos toca trabajar en una serie muy curiosa de loci genéticos:
Los famosos: UG3 Y UG8
Dos genes en tandem que codifican para dos tipos distintos de reverso transcriptasas, que son los que vamos a estudiar!!!!
Hip, hip Hurra…
Ya tenemos nuestra hoja de ruta!!!
Francisco Martínez-Abarca
Sesión 1: Tras nuestra primera sesión… Ufffffff!!!!
Sesión 1: Tras nuestra primera sesión… Ufffffff!!!!
Lunes, 1 de febrero de 2021
Vaya día el pasado Lunes!!!!, y es que este investigador nos quiere volver locos a todos.
No va y dice que debemos de aprender a manejar el programa Clone manager.
¡¡Como si fuera una tarea sencilla!!
Pero sí, poco a poco, nos vamos a enterar de cómo se manejan las secuencias de DNA y bien mirado, no es tan complicado… .
En realidad no es sólo trabajar con secuencias de DNA, sino también entender que estamos trabajando con genes!!!!
Ahora nos toca practicar un poco y de momento nos ha dejado una serie de “tutoriales” grabados el Lunes pasado para que recordemos y practiquemos lo que dimos.
Y es que vaya Jornada ¡!! Hasta hubo un terremoto!!!
Marcos abiertos de lectura I (herramienta ORF search) . Terremoto incluido jajajaja.
Una nueva cita nos espera!!!! Estemos preparados!!!!
Francisco Martínez-Abarca
ARRANCA CAOS!!!!!!
Miércoles, 27 enero 2021
Hace unos días se dio el pistoletazo oficial de salida de este fantástico proyecto!
Web de la EEZ-CSIC (https://www.eez.csic.es/es/node/287) donde se destaca el comienzo de nuestro proyecto
Junto al nuestro, otros cuatro proyectos ya han comenzado con alumnos de otros institutos de Granada y otras provincias. Os animo a que buceéis en ellos y los sigáis en los enlaces que ya hemos dispuesto en nuestra fantástica web.
En breve tendremos tb nuestro “pistoletazo” de salida particular.
Entre tanto, os pongo deberes que no son otros que le echéis un vistazo profundo a los blogs de años anteriores de proyectos parecidos: ¿El genoma de mi bacteria posee elementos CRISPR? y Descubriendo nuevas especies a través de la Bioinformática
En ambos se han usado el programa clone manager que va a ser la base de nuestro proyecto y con el que comenzaremos de manera profunda nuestra primera cita de trabajo!!!
Aupa DNA team!!!
Francisco Martínez-Abarca
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