• Flecha ha estat l'únic científic de ciències socials que ha sigut investigador principal les darreres quatre programes marc de recerca de la Comissió Europea. Un dels seus projectes, INCLUD-ED, va ser l'únic projecte de Ciències Socials i Humanitats destacat per la Comissió Europea en la primera i principal llista de deu històries d'èxit seleccionades de tot el Programa Marc.

• Ha sigut el creador de les prioritats actuals per a totes les ciències de Horizon Europe: co-creació i impacte social. Ha sigut el Chair del grup d’experts en metodologies d’avaluació d’Horizon 2020, el qual ha definit els criteris de rellevància i impacte de totes les ciències del programa més rellevant del món, el de la Comissió Europea. 

• Ha sigut el Chair de l’elaboració del llibre blanc Vers a una communicació inclusiva de la ciència contractat per la FECYT (Fundació Espanyola de Ciència i Tecnologia), publicat en espanyol i en anglès. Aquest llibre blanc ha estat el primer d’aquest tipus fet a l’Estat Espanyol. 

• La Xarxa d'Experts de la Comissió Europea que treballa en la dimensió social de l'educació i la formació (NESET) ha encarregat a Flecha l'elaboració de dos informes analítics de recerca: "Efectes de l'ús de la tecnologia digital sobre l'empatia i la capacitat d'atenció dels nens" (2020) i "Aconseguir el benestar dels estudiants per a tothom: contextos educatius lliures de violència" (2023).

• Alguns dels impactes de les seves recerques:

Els resultats de les seves recerques han estat aprovats per unanimitat. Un exemple:  les principals conclusions del projecte WORKALO van ser aprovades per unanimitat pel Parlament Europeu, reconeixent, per primera vegada en la història, al Poble Gitano com una minoria europea. Aquest projecte també va conduir a l'adopció de diferents polítiques a nivell europeu i pels Estats membres per proporcionar al Poble Gitano accés a una atenció sanitària de qualitat, educació i oportunitats de treball.

Un altre exemple d'impacte: Dels resultats del projecte INCLUD-ED, s'han originat 25 polítiques en 10 països d'arreu del món destinades a reproduir i promoure les accions educatives d'èxit en contextos molt diversos.

Els resultats del trencament del silenci que Flecha va iniciar a la universitat i de la recerca realitzada pel CREA sota la direcció de Rosa Valls (Valls, R. et al (2006-2008) Violencia de gènere a les universitats espanyoles. Pla Nacional I+D+I. Secretaria d'Estat d'Universitats i Investigació. Ministeri de Treball i Afers Socials (2005-2008)) van aconseguir que l'any 2007 el Parlament espanyol, seguint les seves propostes, aproves l'obligació de les universitats de reconèixer l'assetjament sexual en l'àmbit acadèmic i prendre mesures per superar-lo.