Curso poscongreso teórico-práctico con evaluación

Introducción a la genómica comparativa de procariotas.

Docente:

Dr. Andrés Iriarte

Universidad de la República-Uruguay

Contenido:

Como resultado de los avances en la tecnología de secuenciación se ha generado una revolución en diversas áreas de la biología. Estás metodologías generan una enorme cantidad de información, incluyendo miles de genomas completos. La genómica comparativa o evolutiva es una de las tres grandes líneas de trabajo dentro de la genómica y se beneficia de esta vasta información libremente disponible. Esta disciplina estudia las semejanzas y diferencias entre genomas a escalas evolutivas variadas. De esta forma se beneficia de las comparaciones para entender la función, los procesos evolutivos que actúan sobre los genomas y las bases genéticas de los distintos fenotipos.

Este curso tiene como objetivo hacer una introducción a los estudiantes en el área de la genómica comparativa de los microorganismos, presentando algunos de los elementos básicos para el análisis de datos secuenciación y genomas. El curso está orientado a estudiantes avanzados de grado y estudiantes de posgrado de áreas biológicas.

Programa:

Teórico (2:00 h):

1. Presentación del curso y del área de trabajo. Conceptos principales. ^{(Lunes 16/04)}

2. Secuenciación masiva (NGS), ensamblado y anotación de genomas. ^{(Lunes 16/04)}

3. Niveles de variación: sintenia, presencia/ausencia de genes y SNPs. ^{( Martes 18/04)}

4. Pan- y core-genoma. ^{(Martes 18/04)}

5. Análisis filogenético a partir de genomas completos. ^{(Miércoles 19/02)}

Práctico (5:00h):

1. Línea de comandos. Conexión remota vía ssh a servidores. Desplazamiento a través de la terminal y uso de comandos básicos. ^{(Lunes 16/04)}

2. Evaluación de calidad de los reads, ensamblado de novo y anotación automática. ^{(Lunes 16/04)}

3. Ordenamiento de contigs en base a genomas de referencia. Identificación de SNPs . ^{(Martes 17/04)}

4. Construcción de la matriz del pangenoma, identificación de ortólogos. ^{(Martes 17/04)}

5. Alineamiento de ortólogos y construcción de filogenias a partir de supergenes. ^{(Miércoles 18/04)}

Evaluación: Examen individual (Jueves 19/04), con preguntas abiertas y ejercicios, 3 horas.

Fecha: del 16 al 19 de Abril.

Horario: 13:00-20:00

Lugar: Sede Central AAM. Dean Funes 472. CABA

Cupos: 20 vacantes.

Organizadora: Cecilia Quiroga

Contacto: cc.quiroga@gmail.com