Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 166 tahun 2000, sebagaimana telah diubah dengan Keputusan Presiden Nomor 103 tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Pemerintah Non Departemen, Badan Pengawas Obat dan Makanan (Badan POM) ditetapkan sebagai Lembaga Non Departemen (LNPD) yang bertanggung jawab kepada Presiden.

Selanjutnya, diatur dalam Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan 3 Tahun 2025 tentang Perubahan Atas Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Nomor 19 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis pada Badan Pengawas Obat dan Makanan, Balai POM di Sanggau ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis Badan POM yang melaksanakan tugas di bidang Pengawasan Obat dan Makanan di lima wilayah kerja yang ada di Provinsi Kalimantan Barat.

Adapun Wilayah Kerja dari Balai POM di Sanggau adalah Kabupaten Sanggau, Kabupaten Sekadau, Kabupaten Sintang, Kabupaten Melawi dan Kabupaten Kapuas Hulu.

• 2018-2023 : Kabupaten Sanggau dan Kabupaten Sekadau

• 2024 : Kabupaten Sanggau, Kabupaten Sekadau, Kabupaten Sintang, Kabupaten Melawi, dan Kabupaten Kapuas Hulu

• Pada Bulan Maret 2025 Loka POM di Kabupaten Sanggau berubah klasifikasi menjadi Balai POM di Sanggau